基因分析師現在可以更快地識別罕見疾病 - 彭博社

傑基·史密斯

來源：Claritas Genomics1982年，醫生告訴傑基·史密斯的父母帶着這個3歲的女孩回家，趁着還能享受她的時光。醫生説，她罕見的肌肉疾病，可能是由於父母DNA中的突變遺傳而來，可能會在她足夠大到可以開車之前就奪去她的生命。現在35歲的史密斯，整個人生都生活在這個診斷的陰影下，因為一小羣醫生未能診斷出導致她四肢無力和腳踝內翻的原因。今年2月，Claritas Genomics在不到三週的時間內給了她答案。

彭博社商業週刊埃隆·馬斯克的首次高峯（和低谷）肯德里克·拉馬爾如何將與德雷克的爭執轉化為音樂超級明星地位希臘警方稱雞蛋是從試管嬰兒診所患者那裏被盜的如何揮霍你的獎金，從透明電視到冰浴儘管分析師可以快速為一個人測序DNA，費用約為1000美元，但醫生並不一定知道在這些千兆字節的數據中該尋找什麼，因為大多數基因數據庫並沒有廣泛共享或編制索引。大約2500萬美國人至少有一種7000種孟德爾疾病——由單個基因缺陷引起的疾病——而研究人員迄今為止與基因罪魁禍首匹配的還不到一半。Claritas正在努力填補這些空白，通過隔離特定基因並將其與分析公司WuXi NextCode編制的數十萬人的DNA數據庫進行比較。

在史密斯的案例中，Claritas 制定了一份影響兒童神經系統的基因列表，然後使用 NextCode 的系統將她的 DNA 與成千上萬其他人的 DNA 進行比較，以尋找相似的疾病。該公司將她的病症確認為中心核肌病，這是一種較輕的形式，醫生在80年代就已診斷出這種疾病。雖然目前還沒有治癒的方法，但史密斯正在參與可能最終導致治療或更支持性護理的研究。“能夠連接在一起感覺很好。我曾經感到孤獨很長時間，”她説。“我也想為更大的目標而努力。不僅僅是為了我自己，而是為了我能被計算在內。”

使用傳統的方法，確定這些類型的突變可能需要十多年時間和多位醫生的幾次錯誤判斷，Claritas 的首席執行官 Patrice Milos 説。“分析和解釋現在已成為診斷的瓶頸，因為測序已經變得簡單，”NextCode 的首席科學官 Jeff Gulcher 説，NextCode 是 Amgen 的 DeCode Genetics 的一個分支，現在由位於上海的 WuXi PharmaTech 所擁有。DeCode 於1990年代中期開始，收集了大部分冰島的 DNA 數據。

只有少數組織，包括 Claritas 和貝勒醫學院的一個團隊，正在將像 NextCode 這樣的龐大基因數據集作為診斷工具來使用。缺乏這種更廣泛的視角，許多尋找罕見疾病診斷的人最終會放棄，先天性肌肉疾病國際註冊處的主任 Anne Rutkowski 説。“快速獲得診斷至關重要，”她説。“這對有小孩的家庭來説是改變生活的。”

DNA測序和分析需要更好地標準化，以提高其可靠性，梅奧診所醫學遺傳學主席Dusica Babovic-Vuksanovic表示。她説，這一過程的一部分涉及讓更多組織建立或加入更大的數據庫。另一部分是防止熱心的醫生做出他們無法兑現的承諾。“這些測試相當複雜且非常新，”她説。“應該有了解這些測試能做什麼和不能做什麼的人蔘與其中。”

基因組診斷為Linda和Virgil Bennett提供了一個令人心碎的答案，他們花了超過二十年的時間來解釋為什麼他們收養的兒子Dustin會在幾個小時或幾天內顫抖和劇烈抽搐。在經歷了數十次看病和錯誤診斷——癲癇、肌肉疾病、心理健康問題後，梅奧診所的分析顯示他患有發作性共濟失調I型，這是一種神經疾病，其特徵是沒有明確觸發因素的數小時發作。Dustin是一名功能水平為一年級的24歲年輕人，現在正在接受第二輪醫生説應該有助於減少他發作頻率和嚴重性的藥物治療。

“這藥似乎讓他放鬆了一些，”Linda Bennett説。Dustin現在更能幫助父親做家務。她説，知道眼前沒有簡單的解決辦法很困難，但與Jackie Smith的情況一樣，得到一個明確的答案讓人感到一些安慰。“現在我們不再試圖弄清楚這是什麼，”她説，“也不再試圖應對這種能否好轉以及我們還能否提供更多幫助的焦慮。”

***結論：***大數據方法在基因組學中有助於診斷罕見疾病，儘管某些疾病的治療仍然有限。