我國發布高質量中國大豆基因組！助力大豆重要農藝性狀調控基因挖掘_風聞

原題：遺傳所、中科大等發佈高質量中國大豆基因組！助力大豆重要農藝性狀調控基因挖掘

大豆是重要的糧食經濟作物，為人類提供了主要的油料和蛋白資源。大豆起源於中國，古稱“菽”，約在5000年前左右由其野生種馴化而來，隨後廣泛傳播於世界各地。大豆在引種和改良過程中產生了遺傳瓶頸效應，使得來自不同主產區的大豆品種間具有顯著的遺傳變異。目前，我們廣泛採用的大豆參考基因組來源於一個美國品種Williams 82（Glycine_max_v2.0）。該單一品種的基因組並不能完全代表所有大豆的遺傳變異，特別是和美國地理距離遙遠具有明顯遺傳變異的亞洲品種。另外，在功能研究中發現該基因組存在多處組裝錯誤，影響了功能基因的定位挖掘。

2018年7月27日，中國科學院遺傳與發育生物學研究所聯合中國科學技術大學、江蘇省農業科學院種質資源與生物技術研究所和北京貝瑞和康生物技術有限公司在Science China Life Science (《中國科學：生命科學》英文版)在線發表題為“De novo assembly of a Chinese soybean genome”的研究論文，報道了國審大豆品種“中黃13”的高質量基因組信息（Gmax_ZH13）及其註釋信息。

結合單分子實時測序（SMRT）、單分子光學圖譜（optical mapping）和高通量染色體構象捕獲技術（Hi-C），該研究團隊對Zhonghuang 13品種的基因組進行從頭組裝，最終得到1.025 Gb的基因組序列，包含20條染色體和1條葉綠體。該基因組contigN50為3.46 Mb，scaffold N50 為51.87 Mb，是目前基因組連續性最好的植物基因組之一。進一步分析表明，Gmax_ZH13和Williams 82基因組之間存在着大量的遺傳變異（圖1），包括1,404個易位事件、161個倒位事件、1,233個倒位易位事件，以及在Gmax_ZH13中出現的505,506個小插入/缺失（1-99 bp）和17,409個大插入/缺失（>=100 bp）。

Gmax_ZH13和Glycine_max_v2.0的基因組比較分析

此外，該團隊整合大量轉錄組數據為Gmax_ZH13基因註釋基因構建了一個完整的基因共表達網絡。通過已報道控制大豆開花時間的基因與新定位的QTL或GWAS區間內候選基因的共表達關係，對新定位區間內控制該性狀的基因進行更精確地篩選，得到26個可能控制大豆開花時間的基因，並利用自然羣體遺傳變異和表型差異的關聯對其中部分基因進行了驗證（圖2），這為重要農藝性狀基因的挖掘提供了新的思路。Gmax_ZH13基因組的發表為大豆基礎研究提供了非常重要的資源，為國產優異大豆品種的培育奠定了堅實的基礎。

利用基因共表達網絡精確篩選與大豆開花時間相關的GWAS/QTL區間中的候選基因

中國科學院遺傳與發育生物學研究所田誌喜研究員課題組的申妍婷博士為該論文的第一作者，田誌喜研究員為論文通訊作者，中國科學技術大學馬世嵩教授和江蘇省農業科學院種質資源與生物技術研究所杜建廠研究員為共同通訊作者。該研究得到國家自然科學基金、中國科學院A類戰略性先導科技專項和植物細胞與染色體工程國家重點實驗室項目的資助。