16小時搭建平台，上海超算中心為疫苗研發和藥物篩免費提供計算支撐_風聞

來源：文匯報  2020-02-06 

“請允許我代表高性能計算項目組對你們的支持和無私幫助道一聲誠摯的感謝。作為一名普通的科研工作者，我們的工作就是為科研人員提供針對此次冠狀病毒治療研究進行的藥物虛擬篩選和分子動力學模擬計算環境支撐。”這是上海超算中心不久前收到的來自蘭州大學和澳門科技大學的感謝信。

疫情來襲，這兩所學校的科研工作者馬上投入到緊張的疫苗研發和藥物篩選中去。然而，學校計算資源不足，躊躇之際，他們求助了上海超算中心。超算中心也不負眾望，只用了6個小時即建立了三地互聯互通的合作研究機制，16個小時即向社會公佈了大量CPU和GPU的免費計算資源。

與時間賽跑 讓我們再快一點

1月30日晚，蘭州大學和澳門科技大學中藥質量研究國家重點實驗室的科研團隊通過甘肅省計算中心(上海超算甘肅分中心)與上海超算中心取得聯繫，希望可以提供計算資源和技術支持以滿足即將開展的更大規模的計算模擬工作。雙方溝通後得知至少需要1000核CPU，30塊以上invida V100GPU加速處理器，以及50TB的存儲資源。接到這些要求，工作人員十分緊張——正逢春節以及疫情防控時期，工作人員無法第一時間迴歸工作崗位。另一個問題是，上海超算中心的V100GPU加速處理器數量很少，無法滿足當前及後續還會擴大的計算需求。

面對困難，上海超算中心在撥出自己一部分計算資源的同時，又組織協調併成立了由上海超算中心、上海超算科技有限公司、甘肅省計算中心、蘇州超級計算中心組成的聯合工作組，首先通過甘肅計算中心向蘭州大學研究團隊提供本地緊急計算需求，同時僅用6個小時，就通過上海超算HPCplus計算平台整合了超過3000核CPU資源。其中，上海超算2048核，甘肅計算中心1024核，GPU v100共32塊均由蘇州超算中心(上海超算蘇州分中心) 提供。很快，一個三地互聯互通應用平台建立起來，最終在1月31日提供了滿足研究團隊的CPU和GPU計算資源，距接獲支持請求僅用了16個小時。

計算機是助跑和助攻

超級計算機作為科學研究的必要工具，在基因測序、藥物研發、病毒結構解析等方面可以發揮重要作用，加速研究進度。在病毒疫苗和藥物的研發過程中，先要對病毒進行基因測序，瞭解病毒的基本結構。此時需要使用大量的計算資源進行生物信息學的比對和查找。

上海超算中心相關工作人員説：“面對此次疫情，研究工作者還需要弄清楚什麼樣的分子和病毒結合，能使病毒失去功能。通過超級計算機模擬不同的藥物分子與病毒結合後發生的變化，也就是分子動力學模擬，可以極大地加速這一過程。因此，在超級計算機上進行的基因比對、虛擬藥物篩選、精確分子動力學模擬等相關計算，可以快速找到可能有效的藥物結構，為後續實驗階段的化合物遴選和測試提供指導。”

基於超級計算機在基因比對、藥物研發、病毒結構等方面可以起到的作用，上海超算中心在瞭解疫情後，經過內部討論及相關準備，1月25日開始與上海藥物所、南方基因、復旦大學、上海交通大學等眾多基因研究和藥物研究課題組進行了溝通，詢問其在此次疫情相關科研計算模擬遇到的困難和需求。

免費提供大規模CPU和GPU資源用於疫苗研發、藥物篩選

也許現在還有許多團隊正在日以繼夜地研究疫苗、做藥物篩選，如果計算速度快一點，做出疫苗和特效藥的時間説不定也能快一點。為此，上海超算中心主任周曦民決定，將此前臨時搭建的互聯共享平台免費向全社會開放。

於是，上海超算聯合甘肅省計算中心、江西省計算中心、蘇州超算中心、崑山超算中心共建互聯互通合作研究機制於2月1日向社會宣佈，統籌協調大規模CPU和GPU資源免費提供給廣大科研人員開展疫苗研發、藥物篩選等抗擊疫情相關研究工作。

據悉，除了上海超算中心剛上線了一台“魔方3”超級計算機外，蘇州超算中心、崑山超算中心都是新建成的超算中心，擁有超強的計算資源支持能力，希望這一平台能對抗擊疫情有所幫助。

》》》小貼士

研究人員可訪問HPCPlus平台申請免費使用（平台網址：www.hpcplus.net，申請時備註相關研究內容簡介，將獲得優先保障）。

上海超級計算中心是上海市在2000年成立的國內首家高性能計算公共服務平台。自成立以來，上海超算的計算設施支撐了大量基礎科學、公益事業、工業工程的研發工作，如本市的環境監測預報（PM2.5）、氣象預報、支線客機ARJ21、大型客機C919、國產汽車等。在歷次突發公共衞生事件如SARS、禽流感等的藥物研製中也發揮了重要作用。