穿山甲是新型冠狀病毒潛在中間宿主？專家觀點不一_風聞

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自2月7日，華南農業大學研究人員宣稱穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主之後，關於“穿山甲中間宿主論”的關注持續升温。科技部社會發展科技司司長吳遠彬15日也表示，正組織有關科研團隊進行論證，對新冠病毒從穿山甲到人的傳播也在進一步加緊研究。

近日，4篇與穿山甲冠狀病毒相關的論文手稿發表在生物學論文預發佈平台bioRxiv，分別是香港大學教授管軼等人的論文dentification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China（華南地區馬來亞穿山甲中2019-nCoV相關冠狀病毒的鑑定），華南農業大學教授沈永義等人論文Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins（馬來亞穿山甲中新冠類似病毒的分離與鑑定），以及廣東省生物資源應用研究所研究院陳金平等人的論文Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?（穿山甲是新冠病毒的中間宿主嗎？）以及Matthew C. Wong等人在2月7日提交的Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019（冠狀病毒重組的證據表明新冠病毒來源於穿山甲）。

中國的三篇論文都分析了從穿山甲身體發現的冠狀病毒與人類流行的新冠病毒的基因序列相似性，管軼和沈永義的論文認為穿山甲有很大可能是新冠病毒的中間宿主，陳金平的論文則提出了一些疑點。此外，一些專家也在線發文，提出了自己的看法。

證據1：

穿山甲冠狀病毒和新冠病毒9成相似

華南農大在2月7日的發佈會時稱，通過對病毒的基因組分析，發現從穿山甲身上分離的冠狀病毒病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達99%。

但從近日提交的論文來看，研究者從多個樣本中獲得了一個接近完成的冠狀病毒基因組（29,578 bp），其中E、M、N和S基因中分別與2019-nCoV（新冠病毒）表現出100％， 98.2％，96.7％和90.4％的氨基酸同一性。S，E，M和N4個基因的長度分別為3798、228、669和1260 bp（鹼基對），以此來看，也並非全基因序列上達到了99%。

華南農大的論文指出，在全基因組序列分析中，穿山甲冠狀病毒基因組在整個基因組中與人類新冠病毒和一株蝙蝠SARS相關冠狀病毒（Bat SARSr-CoV RaTG13）非常相似，除S基因外，序列同一性在80％至98％之間。

管軼論文中，推測穿山甲冠狀病毒基因組與新冠病毒有85.5％至92.4％的相似性。陳金平等人的研究顯示，穿山甲冠狀病毒和新冠病毒之間的核苷酸序列同一性為90.23％，單個蛋白的序列同一性最高可達100％。穿山甲冠狀病毒和蝙蝠SARS相關冠狀病毒（Bat SARSr-CoV RaTG13）之間的核苷酸序列相似性為90.15％。

三組研究的結論都能證明，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒和一組蝙蝠冠狀病毒遺傳相關。

根據論文説明，記者發現，三組研究所使用的穿山甲並非完全同一批，但廣東部分來自同一批海關緝私行動。華南農業大學從2019年3月至12月從野生動植物救援中心收集的四隻中華穿山甲 （Manis pentadactyla）和25只馬來亞穿山甲（Manis javanica）獲得了肺組織，但中華穿山甲的樣本沒有能夠擴增。管軼研究的穿山甲樣品，大部分是2017年8月至2018年1月廣西海關在反走私行動中獲得的。

證據2

二者的受體結合域非常相似

華南農大的論文特別指出，穿山甲冠狀病毒的S蛋白的受體結合結構域實際上與人類新冠病毒的S蛋白受體結構域相同，只是具有一個氨基酸差異。陳金平等人的論文解釋，冠狀病毒的S蛋白通過受體結合域（RBD）與宿主受體結合，並在引發病毒感染和確定宿主嗜性中起重要作用。

先前的研究表明，新冠病毒，SARS病毒和蝙蝠中發現的冠狀病毒具有相似的受體結合域，表明它們都使用相同的受體ACE2，與MERS病毒的受體結構域不同。“我們的分析表明，穿山甲冠狀病毒與這三種病毒的受體結合域更一致，這表明穿山甲CoV很可能使用ACE2作為受體。另一方面，ACE2受體存在於穿山甲中，與人體內的基因同源物序列高度一致。但是，尚不清楚這種穿山甲冠狀病毒的人畜共患病情況。”陳金平等人在論文中分析。

論文具體分析，通過對在人類、穿山甲、果子狸、蝙蝠這4種動物中發現的SARS相關冠狀病毒的S蛋白進行比較分析，SARS病毒的S蛋白的受體結合域可以有效地結合人和果子狸的ACE2，另外，它似乎能夠結合穿山甲的ACE2， 蝙蝠毒株（Bat-CoV-RaTG13）也是如此。 相反，新冠病毒和穿山甲冠狀病毒的S蛋白可能僅識別人和穿山甲的ACE2。 因此，人和穿山甲的ACE2可能可以識別所有四種SARS相關冠狀病毒的S蛋白，而果子狸的ACE2只能可靠地識別SARS病毒和蝙蝠冠狀病毒（Bat-CoV-RaTG13）的S蛋白。

管軼等人也在論文中分析，受體結合域方面，新冠病毒與廣東穿山甲中發現的冠狀病毒表現出非常高的序列相似性。

Joe Petrosino課題組的成員Matthew Wong21天前就在病毒學網站上發帖稱，武漢新冠病毒株的刺突蛋白（spike protein，或者翻譯為長釘蛋白、穗蛋白，就是冠狀病毒的“皇冠尖”，文中所説的受體結合域就在刺突蛋白上，負責和受體結合，讓病毒進入細胞。——記者注）總體上更接近蝙蝠病毒株（RaTG13），這可能是由於穿山甲冠狀病毒的S蛋白的某個亞結構域非常不同，但是從某一部分（ S1-CTD ）開始，武漢株新冠病毒和穿山甲冠狀病毒受體結合結構域非常相似，大約97％。

Matthew Wong等人的論文顯示，從新冠病毒的受體結合域組成看，蝙蝠株病毒（RaTG13）基因組僅共享參與受體結合基序的五個關鍵氨基酸中的一個，而穿山甲冠狀病毒則共享所有五個關鍵殘基。 似乎在穿山甲中發現的冠狀病毒株與蝙蝠病毒株之間的重組中產生了新冠病毒的受體結合域。但是管軼等人並不傾向於發生了重組，而是認為產生了趨同進化。

證據3

穿山甲冠狀病毒具有感染人類的潛力

雖然陳金平團隊的研究數據不支持直接從穿山甲冠狀病毒演變而成新冠病毒，但這項研究表明穿山甲是Beta冠狀病毒（SARS/新冠病毒都屬於這一類——記者注）的天然宿主，具有感染人類的潛力。

研究顯示，從兩個不同的海關在不同的日期截獲的兩批穿山甲中檢測到的冠狀病毒的基因組序列都與蝙蝠冠狀病毒有關。儘管不清楚這兩批走私的穿山甲是否是來自同一地區，但能夠表明穿山甲是βeta冠狀病毒的天然宿主，可能與穿山甲共生。陳金平等人研究中檢測到的全部三隻穿山甲都被Beta冠狀病毒感染，病情很重，患有嚴重的呼吸道疾病，目前尚不清楚該冠狀病毒是否為常見病毒穿山甲呼吸道中的菌羣，這種冠狀病毒對穿山甲的發病機理仍有待研究。

陳金平等人認為，他們的研究結果不能防止其他冠狀病毒可能在穿山甲中傳播，對穿山甲中冠狀病毒的大量監測可以增進人們對穿山甲中冠狀病毒譜的瞭解。保護野生生物和限制人類和野生生物的接觸，才能將冠狀病毒從野生動物傳播給人類的風險降到最低。

趙素文也談到，穿山甲在野外基本是獨居的，即使生病，也不易引發大流行。而活穿山甲在走私過程中，經常多隻一起走私，由於環境惡劣，很容易得肺病並互相傳染，所以穿山甲冠狀病毒具備在被走私的穿山甲羣體中長期流行的條件。

疑點1

中間宿主相似性比原生宿主低？

但記者發現，9成左右的相似，遠低於新冠病毒與在蝙蝠身上發現的冠狀病毒相似性。中科院武漢病毒研究所及華中農業大學研究證實，新冠病毒與一個雲南的蝙蝠樣本中發現的冠狀病毒相似度高達96%。（即上文所述的Bat-CoV-RaTG13，該蝙蝠定居在距武漢近2000公里的雲南省）

與SARS病毒的傳播相比，這種情況不太合理。2017年，中國科學院武漢病毒研究所確定了SARS病毒的原生宿主是菊頭蝠，此前認為的果子狸只是中間宿主。基因測序發現，果子狸體內檢測到的SARS相關冠狀病毒，與人羣中流行的SARS病毒全基因組序列的一致性達到99.8%，兩者高度相關。一株蝙蝠冠狀病毒全長基因組測序證明，與能夠感染人和果子狸的SARS冠狀病毒，基因組序列相似度為92%。

上海科技大學iHuman研究所研究員趙素文指出，論起和新冠病毒的親疏遠近，還是蝙蝠冠狀病毒RaTG13排第一，穿山甲冠狀病毒目前屈居第二。

陳金平等人在論文中則直接指出，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒之間存在高度序列相似性，但是，系統發育分析不支持直接從穿山甲冠狀病毒中產生的冠狀病毒。

疑點2

新冠病毒特有的Furin蛋白酶切位點

Matthew Wong此前已經提到了，穿山甲冠狀病毒和新冠病毒的受體結合域非常相似，但新冠病毒多了一個Furin蛋白酶切位點。

南開大學高山等人2020年2月2日提交在中科院預印本ChinaXiv網站的論文手稿《武漢2019冠狀病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位點》在國際上首次報道一個重要的變異，這個變異引入了一個可供Furin蛋白酶切的位點，是此前所有發現的SARS和 SARS類似（SARS-like）冠狀病毒所不具備的，這種變異有可能增強了武漢2019冠狀病毒的傳播能力。

作者稱，在前期工作基礎上，無意間發現了武漢2019冠狀病毒基因組可能存在Furin蛋白酶切位點。這一發現暗示了武漢2019冠狀病毒可能在感染途徑上與SARS冠狀病毒有較大差異，該病毒可能採用了HIV、鼠肝炎冠狀病毒等其他病毒的包裝機制，而不同於SARS等其他大部分Beta冠狀病毒，由於包裝機制的改變，武漢2019冠狀病毒 S蛋白獲得了更高的侵染細胞的效率，這可能是其傳播能力大於 SARS 冠狀病毒的一個原因。此外，一些禽流感病毒也可以通過突變獲得一個 Furin蛋白酶切位點，以提高其侵染細胞的效率。

賓夕法尼亞大學醫學院微生物學系副研究員李懿澤對此有過評論，他認為新冠病毒比其他親緣近的病毒多了Furin切割位點，它的受體結合區與整體基因組親緣更近蝙蝠冠狀病毒的相似度還不如整體親緣更遠的穿山甲冠狀病毒，如果完全通過自然進化獲得這些獨特性，非常不可思議。

趙素文也認為，穿山甲冠狀病毒的刺突蛋白，不像新冠病毒那樣有Furin酶切位點的加持。從新聞報道中的圖片可以看到，廣東的專家們在參與穿山甲救治時僅戴了手套，沒有口罩，沒有護目鏡，更沒有防護服，而我們知道廣州並沒有暴發疫情，顯然這種穿山甲病毒，並沒有新冠病毒那麼具有傳染性。從入境就被截獲這一點來看，可以推測這批穿山甲應該入境前（越南）就攜帶上冠狀病毒了。管軼團隊從廣西海關截獲的多批穿山甲樣本里也檢測到了類似的冠狀病毒，也證明了這一點。

遺憾：華南市場沒有動物採樣

雖然最開始武漢不明原因的肺炎的源頭指向華南海鮮市場，但是最近的研究成果越來越不支持這一結論。

中科院西雙版納熱帶植物園副研究員鬱文彬等人的論文基於全基因組數據解碼新型冠狀病毒進化和傳播分析，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品都是一個單倍型（並且不是最古老的單倍型）及其衍生的單倍型，現在樣本中出現了只有一個來自武漢，與華南市場沒有聯繫，這種單倍型在其他國家和地區的樣本中出現，甚至部分國家新冠病毒單倍型在武漢的取樣中沒有發現。

他們分析，最早可能於去年11月中下旬，受感染的人很可能將新冠病毒傳播給市場上的工人或賣家，然後迅速在市場上流通。

不過，華南市場出售野生動物的商鋪陽性樣本集中，在1月1日市場被責令休市前後，商鋪的老闆也有多例確診。

中疾控病毒病所消息顯示，他們於1月1日上午8時赴華南海鮮城，針對病例相關商户及相關街區集中採集環境樣本515份，1月12日，病毒病所專家再次在華南海鮮市場採集野生動物販賣商鋪相關標本70份。這585份環境樣本中，檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸，併成功在陽性環境標本中分離病毒，提示該病毒來源於華南海鮮市場銷售的野生動物。

中疾控報告稱，華南海鮮市場西區存在野生動物交易，尤其是西區的七街和八街靠近市場內部的區域存在多家野生動物交易商鋪，而這一區域的陽性標本也比較集中，佔全部陽性樣本的42.4%(14/33)。綜上所述，高度懷疑此次疫情與野生動物交易有關。

遺憾的是，從目前的報道來看，相關機構只取了環境樣本，並沒有對動物取樣，市場已經經過多次消毒。對此，管軼接受媒體採訪時表示，華南海鮮市場封掉、洗地，“犯罪現場”都沒了，很難破案。他表示，追溯動物源是個比較複雜的過程，不可能隨便找到一個帶有病毒的動物就把它歸咎是元兇。

陳金平等人也在論文中指出，控制疾病傳播的重要一點是確定新冠病毒的動物來源。在武漢這個生鮮市場（wet market）中，環境樣本報告了高病毒載量。但是，在這個市場上出售了各種動物，包括一些野生動物，並且數量和種類都非常動態，尚不清楚哪個動物開始了第一次感染。