獨家|新冠病毒基因測序溯源：警報是何時拉響的——至少九個樣本去年底採集送檢_風聞

原文為財新《獨家|新冠病毒基因測序溯源：警報是何時拉響的》（節選）http://china.caixin.com/2020-02-26/101520972.html

至少九個樣本去年底採集送檢

財新記者證實，與廣州微遠基因科技有限公司和北京博奧醫學檢驗所幾乎是前後腳，還有數家基因測序公司從武漢醫院獲得了不明肺炎病例樣本。這其中包括2019年12月26日從武漢當地醫院收到一份基因測序委託的行業“龍頭老大”華大基因。12月29日，華大基因對該病例樣本完成的基因測序結果顯示，病毒與SARS基因序列相似性高達80%，但不是SARS，而是一種之前未有的冠狀病毒。華大基因還用他們的SARS檢測試劑盒對病例進行檢測，結果呈陰性，否定是SARS。

華大基因一位人士對財新記者介紹，他們12月底對不明原因病毒性肺炎病例的樣本進行測序時，並不知情這個病毒在臨牀上已經造成了很多人的感染，甚至已經有同屬一個家庭的聚集性感染。“我們是做基因測序的技術公司，每天會接受很多測序的委託，接觸大量病毒，也會發現很多新病毒。像冠狀病毒就有很多種，之前包括SARS在內也只有六種冠狀病毒與人有關，對人感染性比較強的只有SARS和MERS。當時我們並不知道這個病毒是‘好’是‘壞’。”

華大基因與武漢當地醫院有着常年合作，據財新記者調查，武漢當地醫院2019年12月至少送了超過30例疑難肺炎的病例樣本給華大基因委託測序。華大在其中一共發現了三例屬於新冠病毒感染的肺炎，除了12月26日這一例，另外兩例分別收樣於12月29日和30日。他們將三例類SARS的冠狀病毒混裝，即將三個病毒基因序列片段合在一起形成了一個混裝的病毒基因序列。1月1日，三份樣本的檢測報告上報武漢市衞健委。1月3日，華大基因對三個樣本中的病毒都進行了高深度的全基因序列測序。

財新記者查知，截至2020年1月19日，GISAID平台上共上傳有13條樣本的新冠病毒基因組序列。除去日本、泰國的三條，剩下的10條全部由中國科研單位上傳。從樣本採集時間看，最早的是前述2019年12月24日採集並由中國醫學科學院病原所上傳的那一例。還有8個樣本是在12月30日採集的，分別為武漢市金銀潭醫院與湖北省疾控中心（1條）、金銀潭醫院與中科院武漢病毒研究所（5條）、中國疾控中心病毒病預防控制所（2條）。此外，中國疾控中心病毒病預防控制所還上傳了一條2020年1月1日完成採集樣本的基因序列。

與之映證，據《湖北日報》報道，12月30日這天，金銀潭醫院院長張定宇帶領大家採集了該院最早收治的7名病人的支氣管肺泡灌洗液，並送往中科院武漢病毒所進行檢測。

以行業平均檢測週期三天來算，到1月2日左右，上述8個12月30日採集樣本的基因測序結果應該已經得出。中科院武漢病毒所在一封公開信《武漢病毒所全力開展新冠病毒肺炎科研攻關》中曾稱，12月30日晚病毒所收到金銀潭醫院送來的不明肺炎樣本，72小時攻關後，於2020年1月2日確定新冠病毒的全基因組序列，1月11日上傳至GISAID上。

上述《中華醫學雜誌（英文版）》發表的論文也顯示，在2019年12月24日至2020年1月1日這九天內，有五名患者的肺泡灌洗液樣本被採集並送去檢測分析，並且這五名患者中有兩人沒有華南海鮮市場接觸史。

五名患者中，除上述65歲患者樣本，還有三位患者的樣本採集時間為2019年12月30日。其中，2號患者是一名在華南海鮮市場工作的49歲女性，她12月22日開始發高燒、乾咳，五天後出現呼吸困難並住院，12月29日住進ICU；3號患者同樣為女性，52歲，12月22日發病，29日住院，但是她沒有海鮮市場接觸史；4號患者是一名41歲男性，他12月16日開始高燒、乾咳，22日住院——這位也沒有海鮮市場暴露史男性顯然就是上文在武漢市中心醫院就診的武昌會計；5號患者的肺泡灌洗液樣本則是在2020年1月1日採集的，他是一名在華南海鮮市場工作的61歲男性，本人患有慢性肝病和腹部粘液瘤，發燒、咳嗽、呼吸困難持續七天後住進當地一家醫院，1月2日開始利用ECMO進行搶救，後不治身亡。

該論文稱，一種新型冠狀病毒就這樣在實驗室中被鑑別出來，它與SARS病毒核苷酸序列相似度達79%，在系統發育上最接近蝙蝠所攜帶的SARS樣冠狀病毒，但形成單獨進化分支的冠狀病毒β屬毒株序列。在開展了病毒分離進行形態確認與血清學檢測後，最終確認新發病原體是一種新型冠狀病毒。這種病毒與受體結合的結構域，其氨基酸序列與SARS冠狀病毒類似，表明兩種病毒可能結合的是人體細胞上相同的受體。

回望2019年12月底至今年1月初的那幾天，原本應是決定無數人命運的關鍵時刻。但彼時，公眾對這種病毒日後會引發的後果還渾然不知。

一位基因測序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省衞健委一位官員電話，通知他武漢如有新冠肺炎的病例樣本送檢，不能再檢；已有的病例樣本必須銷燬，不能對外透露樣本信息，不能對外發布相關論文和相關數據，“如果你們在日後檢測到了，一定要向我們報告”。

1月3日，國家衞健委辦公廳發佈了一份名為《關於在重大突發傳染病防控工作中加強生物樣本資源及相關科研活動管理工作的通知》，這份國衞辦科教函（2020）3號文稱，針對近期武漢肺炎病例樣本，依據目前掌握的病原學特點、傳播性、致病性、臨牀資料等信息，在進一步明確病原信息之前，暫按照高致病性病原微生物（第二類）進行管理，相關樣本的運輸應當按照原衞生部《可感染人類的高致病性病原微生物菌（毒）種或樣本運輸管理規定》要求進行；病原相關實驗活動應當在具備相應防護級別的生物安全實驗室開展。

3號文進一步規定，各相關機構應按省級以上衞生健康行政部門的要求，向指定病原檢測機構提供生物樣本開展病原學檢測並做好交接手續；未經批准，不得擅自向其他機構和個人提供生物樣本及其相關信息；已從有關醫療衞生機構取得相關病例生物樣本的機構和個人，應立即將樣本就地銷燬或送交國家指定的保藏機構保管，並妥善保存有關實驗活動記錄及實驗結果信息；疫情防控工作期間，各類機構承擔病原學檢測任務所產生的信息屬於特殊公共資源，任何機構和個人不得擅自對外發布有關病原檢測或實驗活動結果等信息，相關論文、成果發表須經委託部門審核同意。

至於哪些機構屬於“指定病原檢測機構”，文件並未提及。有病毒學家透露，甚至中科院武漢病毒所都一度被要求停止病原檢測，銷燬已有樣本，“因為按現行《傳染病防治法》，開展傳染病實驗室檢測、診斷、病原學鑑定是各級疾病預防控制機構的法定職責，僅有國家和省級的疾控系統機構才有權進行傳染病病原學鑑定，中科院武漢病毒所顯然不在此列，更何況那些未經授權的商業科研機構”。

或許正因如此，12月30日拿到病毒樣本的中科院病毒所，2020年1月1日進行病毒分離，1月2日完成了病毒的基因測序，1月5日分離得到病毒毒株，1月9日完成國家病毒資源庫入庫及標準化保藏。這些顯然日以繼夜才能完成的研究工作，遲遲未對外公佈，僅僅在2月份面臨外界的傳言攻訐時，才給出隻言片語的披露。

1月9日，央視報道，以中國疾控中心為主的“武漢病毒性肺炎病原檢測結果初步評估專家組”確定，病原體為新型冠狀病毒，“截至2020年1月7日21時，實驗室檢出一種新型冠狀病毒，獲得該病毒的全基因組序列，經核酸檢測方法共檢出新型冠狀病毒陽性結果15例，從1例陽性病人樣本中分離出該病毒，電鏡下呈現典型的冠狀病毒形態。”

1月11日，張永振研究團隊將該病毒基因組序列信息共享到“病毒學組織”Virologic.org網站和GenBank上，系全球最早公佈該病毒序列的團隊。

當日晚，國家衞健委宣佈中國將與世衞組織分享新冠病毒基因序列信息。第二天，另外5個來自不同患者的病毒基因組序列由國家衞健委領導的小組在全球共享流感病毒數據庫GISAID發佈。對於這個向世衞組織分享的新冠病毒基因序列信息到底來自哪家機構？中國疾控中心主任高福回應財新記者稱，基因序列來自三方機構，中國疾控中心、中國醫學科學院以及中科院三方，此為聯合攻關。世衞組織表示，已從中國國家衞健委獲得更多有關武漢不明原因病毒性肺炎的詳細信息，包括從病例中檢測到的新型冠狀病毒基因序列信息，這對其他國家開發特定診斷工具有重要意義。

此時再去細究誰第一個摘取了科學皇冠上的珍珠其實並無必要，因為距離第一例基因測序確定新冠病毒，已經過去了15天。

1月11日，停止更新多日的武漢衞健委通報，第一次將“不明原因的病毒性肺炎”更名為“新型冠狀病毒感染的肺炎”，稱截至2020年1月10日24時，初步診斷有新冠肺炎病例41例。同一天，湖北“兩會”召開。至1月17日湖北“兩會”結束，這個數字沒有增加。