:每天的疫情更新你真的看懂了?全球都在玩“數字遊戲”_風聞
心之龙城飞将-2020-04-11 14:35
中國新聞週刊
“流行病受生物學和社會學因素共同影響,
每個基本要素都是一篇科學論文,
都是一個研究課題。”
4月6日,美國猶他州桑迪城,在當地的一個展覽中心內,方艙醫院的牀位已經備好。 新冠時期的全球“數字遊戲”
截至4月7日上午8點,根據美國約翰·霍普金斯大學新冠疫情數據,德國確診病例超過10萬,英國的這一數字為5.2萬,不僅低於德國,還低於意大利、西班牙等歐洲其他國家。看統計數據是我們瞭解一個國家疫情的最主要辦法,但僅從數字表面讀出“德國疫情比英國似乎嚴重得多”的結論,這符合真實情況嗎?
多位專家表示,比較疫情中各國的數字有誤導性,甚至是危險的。英國劍橋大學教授希拉·伯德是著名的生物統計學專家。她説,病例檢測和報告體系甚至在國家內部也不一致,更不用説在國際上了。關於誰接受測試、在何時何地檢測的規則可能都會發生變化,而這些變化也不一定會及時、準確地體現在不同政府發佈的數據中。
在英國,政府説當前衞生系統沒有足夠的能力檢測每一個出現新冠症狀的個體,因此只有病情嚴重到需要去醫院尋求治療的人才會得到檢測,在這種情況下,顯然很多症狀輕微的人會被排除在感染者統計之外。相比之下,在德國,任何出現流感樣症狀的人、過去14天與確診病例有接觸的或者去過高風險地區的人都能得到檢測。
哈佛大學公共衞生學院傳染病動力學中心教授馬克·利普西奇在《新英格蘭醫學雜誌》上撰文指出,如果醫療服務範圍或實驗室檢測能力瓶頸等問題限制了我們對確診病例的計數,或者如果只對重病例進行檢測,則對確診病例的簡單計數可能是疫情發展軌跡的誤導性指標。人們相信,數字就像它一貫象徵的理性那樣,準確、可靠、不容置疑,比絕大多數文字描述和個人體驗都更有力。但流行病統計學家與數學家們提醒,當談到新冠疫情的時候,只看數字可能非常危險。
如果英國突然開始對更大規模人羣進行檢測,並發現新病例大幅增加,這並不一定意味着疫情傳播得更快;同樣,如果一個國家達到了檢測能力上限,它可能會突然報告新增病例的下降,而這些,都是誤導性的數字。“危險在於,我們依賴這些數據,並假設它們能準確計算出感染的總人數。”英國沃裏克大學副教授邁克·蒂爾斯利説,人們需要關注到數字背後更大的圖景。
薛定諤的數字
人們每天最關心的數字——新增確診病例,是否如所想的那樣,就是當天感染的人數嗎?什麼叫“確診”,各國是一個定義嗎?如果一個人核酸試劑檢測結果呈陰性但是試劑盒靈敏度只有60%呢?如果一個人今天發病5天后才得到檢測結果,那他屬於哪天的新發病例呢?
3月27日,香港大學公共衞生學院流行病和生物統計學分部主任高本恩等人在醫學論文預印本平台medRxiv網站發表題為《改變COVID-19病例定義對中國大陸流行曲線和傳播參數的影響》一文。文章梳理了中國新冠肺炎幾次“診斷標準”定義的變化,通過建模分析發現,當這一定義從第一到第二版、從第二到第四版、從第四到第五版改變時,確診人數分別增加了7、2.8和4.2倍。他們估計,如果整個疫情期間使用的是第五版的病例定義,那麼到2月20日屬於“確診者”的人數將高達23.2萬例。
4月1日,美國底特律,工作人員在一個車展展館內查看方艙醫院的建設進度。 如果不把這個人為因素考慮進去,只是看到表面上的數字變化,那麼高本恩等人指出,在傳播參數的計算上就會有一系列連鎖反應,包括高估疫情增長率,進而高估基本傳染數R0的數值。比如,廣東省疾控中心2月13日的一篇文章計算出全國新冠肺炎的R0值高達4.5,但現在普遍認為,R0數值應該在3上下。
由美國約翰·霍普金斯大學系統科學與工程中心(CSSE)一年級的博士生董恩盛等人發起並維護的一個數據可視化地圖,只是整合世界各國最新的確診、死亡和恢復病例等簡單數據,就引起每天超10億雙眼睛的關注。董恩盛告訴《中國新聞週刊》,儘管多數時候他們都是引用各國官方數據,但也遇到過採納何種標準來計數的問題。比如,早期美國疾控中心統計的“確診病例”需要核酸檢測呈陽性加上CDC認定才算是確診,但他們採用的是“推定陽性病例”的估算方式,即由州或地方實驗室確認的第一時間的病例,但未經CDC證實,因此數字有時要比CDC大一些。
美國田納西比州範德堡大學醫學中心傳染病專家威廉·沙夫納3月9日説,我們對於新冠肺炎還在不斷了解中,所做的數據統計還處在初步階段。“(現有數據)全都是估計。你所在的國家認為什麼是一個新冠病例?各種病例定義之間差別很大。”
多位專家指出,COVID-19在中國被稱作新冠肺炎,在國外大多叫新冠感染,因此在中國,無症狀感染者並不屬於確診病例,而是單獨計數。根據世衞組織的定義,“無論有無臨牀體徵和症狀,經實驗室確診感染新冠病毒者”均為確診病例,歐洲也採用這一標準。
“無症狀感染者”的數據又是另外一個謎。比如,一個常被引用的數據來自2月13日發表在《國際傳染病雜誌》上的文章。該論文對從武漢包機撤離的565名日本公民進行研究,結果發現撤離者有13人感染,其中4人為無症狀感染者,比例為30.8%。復旦大學公共衞生學院原院長姜慶五對此就指出,這個樣本量太小,如果再多一個人為無症狀感染者,比例就增長到38%。
死亡人數好確定嗎?據英國BBC報道,該國衞生部每日通報的,是當日多少新冠病毒檢測陽性者死亡,包括感染新冠病毒但可能死於其他疾病的人數,而英國國家統計局的計算方式是看死亡證明,裏面寫了死者的直接死亡原因及可能原因,只要懷疑和新冠有關,就都統計上。
在美國,截至4月5日,公開信息顯示超過9400人死於新冠感染,但是多個領域的專家們認為這是被低估的數字。由於沒有統一的系統來報告新冠相關的死亡,而且檢測能力持續短缺,一些州和郡縣的死亡人數統計標準是模糊的。據《紐約時報》報道,美國聯邦政府預計在2021年之前都無法知道因新冠死亡的最終人數,因為美國要到那時才公佈主要死亡原因的年度彙編。
“流行病受生物學和社會學因素共同影響,每個基本要素都是一篇科學論文,都是一個研究課題。”姜慶五説。比起簡單地計數,高本恩認為我們需要的是找到一個更好的追蹤傳染病進展的方法。
病死率:不是簡單的除法
所有人都想知道這種冠狀病毒引起的疾病有多致命,它的術語是病死率,簡單地説,就是死於新冠肺炎的人數,除以感染該疾病的總人數。美國天普大學數學教授約翰·艾倫保羅告訴《中國新聞週刊》,死亡人數相對來説是明確的,但由於檢測不足,尤其是缺乏隨機檢測,感染者人數依然未知,他把這個叫做——“分母之謎”。
意大利因其高病死率引來媒體關注。意大利衞生高等學院的研究人員3月23日在《美國醫學會雜誌》上發表的文章分析了該國高病死率的三個原因。其中一個原因就與分子有關:意大利的病死率統計囊括了核酸檢測中陽性患者死亡的發生,無論他的死亡是否是因為基礎疾病導致的。而意大利衞生部科學顧問近日指出,在頒發的死亡證明中,只有12%的死亡原因與感染新冠病毒有直接因果關係。
再來看分母。美國斯坦福大學流行病學教授約翰·約阿尼迪斯近日撰文指出,目前為止掌握的有關多少人感染以及這個流行病如何進展的數據“完全不可靠”。“我們不知道沒有被捕捉到的感染者是3倍還是300倍,因為新冠暴發3個月之後,大多數國家,包括美國,都缺乏對大規模人羣進行檢測的能力,而且沒有一個國家有關於該病毒在有代表性的隨機樣本中流行情況的可靠數據。”
根據公開信息,截至4月1日,冰島總測試人數已超過1.95萬人,總測試人數接近總人口的5%,這個比例已遠遠高於全世界任何國家。換句話説,截至4月1日,世界上還沒有哪個國家的檢測人數超過其人口的5%。
3月30日,在巴西聖保羅郊區,穿着防護服的醫務人員檢查過往車輛上人們是否有新冠肺炎症狀。 美國早期在檢測問題上多次延誤,使得美國公佈的感染者很少。截至4月7日早上8點,美國已知的確診人數是36.75萬,是全球感染人數最多的國家。但這離真實情況有多遠仍未可知。美國哥倫比亞大學醫學院教授、艾滋病“雞尾酒療法”創始人何大一在4月3日美國智庫布魯金斯學會舉辦的一場新冠疫情分享會上表示,美國大約三分之二的核酸檢測結果呈陽性,説明現有的檢測數量遠遠不足。
信風科技創始人兼CEO陳劍也參與了這場分享會,在疫情期間他一直進行相關模型預測。他向《中國新聞週刊》解釋説,何大一提到的“三分之二”叫確診率,儘管這不是流行病學的基本指標,但是可以用來衡量一個地區檢測不足的程度。以中國湖北省外的數據和韓國為參照,他認為檢測25~30人中有1個人確診(3%~4%)是比較合理的數據,低於這個數字,比如香港之前的80:1,説明檢測規模有點過大了;而高於這個數字,説明檢測是不充分的,美國能達到這個合理比率的州寥寥無幾,包括檢測人數最多的紐約州,因為感染人數太多,所以比率還是很高。
在非洲,截至4月3日下午,49個國家報告出現新冠確診病例總計7123人,死亡289人,但這些國家幾乎沒有自產新冠病毒檢測設備的能力,確診總數如何更是未知數。
即便很好地控制分子和分母,依然有別的計算“陷阱”要警惕。香港大學李嘉誠醫學院院長梁卓偉指出,若粗略地將新冠累計死亡人數除以累計確診患者總數得出病死率,是完全錯誤的計算方法,“因為分母中有不少為近期確診病例,他們病程剛剛開始,無法判斷之後究竟會康復還是病情惡化而亡。”他帶領的團隊3月6日發表的研究結果認為,新冠肺炎的病死率上限為1.4%。
“根據我們到目前為止的瞭解,新冠肺炎的致死率似乎不如最近幾十年來演變為主要流行病的其他冠狀病毒感染和疾病。但隨着更多數據的來臨,我們對情況的認識也可能需要改變。”約翰·艾倫保羅説。
警惕簡單比較
“目前來自不同國家的數據有很大的偏差,因此這些數據不能直接進行比較。”德國烏爾姆大學流行病學和醫學生物統計學研究所主任Dietrich Rothenbacher在接受媒體採訪時指出,真實且可以比較的數字來自一個定義明確、系統且具有代表性的樣本。
但當讀到下面這段話時,我們依然剋制不住比較的“誘惑”。據《時代》週刊3月30日報道,德國最新確診人數超過6.3萬,是受疫情衝擊最嚴重的前五個國家之一,但是隻有560個人死於這種疾病,意味着它的病死率僅為0.9%,是世界上死亡率最低的國家——尤其是當意大利確診者的死亡率高達11%時,這個數據看起來有些異乎尋常地低。到了4月6日早上,德國的這個數字依然保持在1.6%,分別低於意大利的12%,西班牙、法國和英國的10%,以及美國的3%。
實際上,德國正是在發現感染者方面跑得最快的國家之一。德國烏爾姆大學流行病學和醫學生物統計學研究所主任Dietrich Rothenbacher認為德國的低死亡率與其寬泛的檢測有關。早至1月,德國便是最早開發出一種檢測新冠病毒可靠方法的國家之一。由於德國的衞生系統在州一級進行管理,因此不受中央監管機構的限制,私營企業迅速開始大規模生產檢測設備。現在德國每週可以完成16萬例樣本的檢測,遠高於歐洲其他國家。儘量檢測出病毒感染者,等於把“分母”變大, 從統計上“降低”了病死率。
4月6日,一名患者被送至美國紐約布魯克林Wyckoff Heights醫療中心的急診室。 反觀意大利,在疫情早期階段,意大利起先實行的是廣泛檢測策略,與感染者有過接觸的人無論有無症狀都進行檢測,但該國衞生部於2月25日決定將這個檢測池縮小:優先考慮對需要住院且臨牀症狀更嚴重的懷疑患者進行檢測。這種檢測政策帶來了很高的陽性結果比例,截至3月中旬,這一數字為19%,並且病死率顯著增加——因為症狀較輕的,也就是死亡率較低的感染者沒有納入到分母中。
即便是不討論“統計之外”的數字,簡單將已知的死亡人數和確診人數做除法時,這個數字依然是不能比較的。“沒有一個指標可以讓我們比較不同國家的情況。”英國沃裏克大學副教授邁克·蒂爾斯利説,死亡率可以看出每個國家情況的嚴重程度,但國際比較很複雜。在獲得醫療資源、基本健康狀況甚至人口年齡結構方面,沒有任何兩個國家是相同的。
對此,世衞組織突發衞生事件規劃執行主任邁克·瑞恩舉例説,韓國的新冠暴發與一個教堂有關,所以感染者的年齡分佈要比在意大利北部的更低;而在長期護理中心暴發時,平均感染者年齡會高很多。
2019年,意大利近四分之一的人口年齡在65歲以上,而中國這一年齡結構佔比只有11%。截至3月中旬,意大利的總病死率為7.2%,遠遠高於中國同期的2.3%。意大利衞生高等學院的研究人員指出,如果將年齡分層,從0歲到69歲,這兩個國家的病死率是相當的。比如,根據世衞組織-中國聯合考察團的報告,中國經實驗室確診病例中,80歲或以上的老人死亡率為21.9%,意大利這一數字為20.2%。
在韓國,大約三分之一的確診病例在30歲或以下,死亡率為1.6%。儘管德國與意大利的人口有相同的平均年齡,但大量檢測將德國感染者的平均年齡拉低至46歲,意大利的這一數字為63歲。
陳劍説,除了統計方面的原因以及年齡結構外,他指出,意大利高死亡率的原因首先是重症的醫療條件跟不上。在意大利北部,一度有超過1200個病人湧入重症監護病房,這是一個驚人的數字。雖然意大利的ICU病牀數在歐洲並不算少,大概每10萬人12張,但因為疫情是集中在某一個地方暴發,所以全國的病牀數沒有辦法運用起來。相比之下,德國這一數位為28,荷蘭為7,在印度這一數字大約為6.5。陳劍分析,中國這一數字僅為3.6,並不高,但是火神山和雷神山的快速建立彌補了這個缺陷。
當問及數學家約翰·艾倫保羅,在此次疫情中,科學家們還應該在哪些最有價值的數據上繼續努力時,他列出了一堆數據,包括疾病對不同年齡、經濟地位、性別的影響,醫療設施可及性與疾病的關係……“無論我們多麼想知道一切有關冠狀病毒的事實,可我們仍然有很多未知,而且我們應該接受這種不確定性帶來的不適感。”
本刊記者/彭丹妮
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這篇分析中美流行病毒類型的論文,究竟寫了些什麼?來源:環球時報新媒體
2020-04-11 09:46
144近日,一篇英國和德國學者共同撰寫的論文,在中國的網絡上引起了圍觀。
研究人員發現,在人類中最早出現的原始版本的新冠病毒“A型”,雖然出現在武漢,但並沒有在武漢流行開來,而是在美國更為常見。
而在武漢流行開來的,其實是從原始版病毒變異而來的“B型”。
耿直哥找來論文原文進行了研究,並採訪了第一作者。發現該論文的初衷是通過對160個來自全球各地的新冠病毒感染的基因進行分析,以求解開病毒變異的密碼,找到病毒在全球擴散的路徑。
武漢出現過原始的新冠病毒,但該類型更多出現在美國的病例中
這篇科研論文,目前已經發布在了國際知名的學術期刊《美國科學院院報》(PNAS)上。論文的第一作者為英國劍橋大學的Peter Forster博士。

從論文的原文,以及英國劍橋大學的官網對這篇論文的介紹來看,這篇論文先是將一種與新冠病毒的同源性高達96.2%的蝙蝠冠狀病毒(即中國武漢病毒所的石正麗團隊發現的BatCovRaTG13病毒),設定為新冠病毒在動物中的祖先,然後以此為參考,把從“全球共享流感數據倡議組織”(GISAID)的數據庫中提取的160個世界各地的新冠病毒基因,按照進化的關係,分為了A、B、C三個類型。
其中,與蝙蝠身上的那種冠狀病毒最為接近的是A型新冠病毒,這也被研究人員認定為是在人類身上傳播的新冠病毒的“原始”類型。

▲截圖來自論文原文
令研究人員意外的是,這種A型的新冠病毒,雖然出現在了武漢,並感染了5名武漢人,在4名廣東病例身上也有發現,但在武漢、中國乃至東亞地區被更多發現的,卻是這種A型新冠病毒的變異版,即B型新冠病毒。
而A型的病毒,則被更多地發現於美國和澳大利亞的病例中,其中早期的美國病例有在武漢居住旅行的歷史。

▲截圖來自論文原文
最後一種C型的病毒,則是由在中國和東亞地區被廣泛發現的B型病毒變異而來。但研究人員表示,在他們研究的160個樣本中,沒有發現中國大陸地區出現C型病毒,這種病毒更多地出現在歐洲,在新加坡、中國香港和中國台灣地區也有發現。
換言之,從這篇研究來看,最原始的A型新冠病毒,雖然出現在武漢,但並沒有在當地流傳開,反倒是由A型變異而來的B型在武漢傳播了開來,進而傳播到了中國其他地方以及東亞多個地方。而A型真正擴散開來的地方目前看來是美國和澳大利亞。流傳於歐洲的C型則是由在中國和東亞擴散開來的B型變異過去的。


▲截圖來自論文的原文圖表
那麼,這些發現意味着什麼呢?在英國劍橋大學的報道中,研究人員就表示他們的發現可能有助於各國順着這些途徑去尋找那些尚未被記錄在案的傳染源,預判下一步的疫情暴發可能會來自哪裏,從而更好地對這些傳染源採取隔離措施,避免疫情的再度擴散。
這能説明病毒並非來自中國嗎?
不過,對於中國人來説,我們肯定更關注的是,這個研究能否就病毒的來源給出答案——尤其是,鑑於原始的A型病毒並沒有在中國更多地傳播開來,而是在美國更多地出現,這是否説明病毒並非源自武漢,甚至有可能來自美國?
對此,耿直哥採訪了論文的第一作者,英國劍橋大學的Peter Forster博士。他表示他已經對於中美在此事上的爭議有所耳聞,也清楚病毒的來源目前是塊“燙手的山芋”。他也在就病毒的來源問題進行研究,除了目前已經發布在PNAS上的這篇論文,他和其他學者們還已經完成了一個涉及1001個病毒基因樣本的分析,只是該論文尚未發表,也沒有經過同行評審。

▲截圖為Peter Forster博士回應耿直哥採訪的原文
但他表示,不論是哪篇論文,目前仍無法就病毒的來源地給出一個明確的答案。不過,他們研究中發現的證據顯示,新冠病毒最初感染人類的時間則大致在2019年9月13日至2019年12月7日這個區間。
至於為何A型病毒並沒有在武漢和中國大範圍地出現,而是由A型變異來的B型,Peter Forster博士的回應是,這有可能是因為A型並不適應當地人的免疫系統,所以才變異成了B型,但也有另一種可能,即當地更多的病例是由B型的感染者傳染出去的,即遺傳學上的“奠基者效應”(founder effect)。這也與他接受劍橋大學官方採訪時所説的內容一致(如下圖所示)。

而對於A型為何更多出現在美國和澳大利亞,他的觀點是這也有可能是因為A型更適應那裏的人的免疫系統。
最後,他表示他們的研究發現新冠病毒在中國境外變異速度很快。他還介紹説,他們之所以得出病毒最早出現在人身上傳播的時間在2019年9月13日至2019年12月7日這個區間,是通過病毒在中國境內相對“緩慢”的變異速度推算出來的。

▲截圖為Peter Forster博士回應耿直哥採訪的原文。注:圖中的那處更改是他之前回信時的筆誤,誤將病毒首次傳人時間範圍上限寫成了12月16日,他之後更正為了7日。