兩篇新研究追蹤美國新冠病毒傳播鏈,結論:美國錯過了遏制病毒的最佳機會_風聞
中国生物技术网-中国生物技术网官方账号-2020-05-31 15:21
截至5月30日09時,美國新冠病毒肺炎累計確診****1793530例,累計死亡104542例**。**
北京時間5月30日,發表在預印本網站bioRxiv上的一項迄今為止最全面的研究(未經同行評議)顯示,引發美國新冠病毒疫情的導火索出現在1月中旬至2月初的一個為期三週的窗口期內。研究表明,美國****錯過了減緩病毒傳播的早期機會。
同一時間,發表在**《Science》上的另一項研究重點關注了新冠病毒在紐約市的起源,其結論:**大多數病例都是從歐洲引入的。
bioRxiv的作者在論文中寫道:“我們的分析顯示,當密集的檢測和接觸者追蹤本可以阻止SARS-CoV-2(新冠病毒)在美國和歐洲傳播時,我們卻錯過了很長一段時間的機會。”
美國疾病控制與預防中心(CDC)主任Robert Redfield説:“一些人聲稱美國人早在去年11月就已經感染了新冠病毒,而且在確診病例前疫情就已經在美國蔓延。這一研究將研究數據納入了討論。在此之前,我們是在沒有大量數據的情況下進行的討論。”
發表在bioRxiv的那篇研究中,研究人員寫道:2019年底出現的SARS-CoV-2,即COVID-19的病原體,引發了全球健康危機。但科學家們以無與倫比的速度共享了病毒的序列數據,為後續加快診斷檢測的研究開展,以及研發候選疫苗和治療方法成為可能。截止到5月15日,已經有25181個完整的基因組可用,這是前所未有的。
在基因組數據的集合中嵌入了關於大流行的性質和歷史的重要信息。在這裏,我們研究關於這種新病毒何時、何地以及如何在全球建立自身的基本問題,這些科學問題已經與重要的社會和政策問題密不可分。
已知新冠病毒的進化速度相對較慢,但其在不同地點的傳播速度之快,以及極不具代表性的採樣意味着針對系統發育分析的解釋可能會導致嚴重的錯誤。
研究人員利用了四個數據集,包括全美急診室報告的病例、1月和2月收集的約1.1萬個呼吸道樣本、對從加州、華盛頓州和東北部患者身上提取的病毒進行的基因分析。最終,加州的屍檢結果也符合該研究結論。
特別要説明的是,2020年1月15日,從武漢入境西雅圖的第一個確診病例****(WA1),該病例是美國第一個獲得新冠病毒基因組序列的病例。2020年2月29日,來自華盛頓州的第二個確診病例(WA2)。該患者參與了在2月24日作為社區監測的一部分被取樣呼吸道病毒的研究。該研究的作者用計算機模擬的結果表明,WA2攜帶的病毒是WA1的後代。
圖片來源:bioRxiv
由此,他們得出了一個令人驚訝的結論:截止到當時,新冠病毒已經在華盛頓州隱秘傳播了****六週。
圖片來源:bioRxiv
這些研究結果在華盛頓州早期採取密集的社交隔離措施方面發揮了決定性作用,這反過來似乎解釋了華盛頓州在控制疫情方面相對成功的原因,相比之下,紐約州等延遲了這一舉措。
在歐洲,2020年1月20日,從中國上海入境的汽車供應商Webasto的一名員工訪問了該公司在德國巴伐利亞的總部。她在上海感染了新冠病毒(在她的父母從武漢來之後),並將該病毒傳播給1月27日檢測呈陽性的德國男子。1月28日對該男子的病毒基因組(BavPat1)進行了採樣。總之,此次疫情感染了16名員工,但顯然是通過快速檢測和隔離得到控制的,這些努力被稱讚為是一次令人印象深刻阻止病毒傳播的早期展示。
圖片來源:bioRxiv
幾周後,在意大利倫巴第的第一次大爆發與與BavPat1密切相關的病毒有關,在近30000個核苷酸基因組中只有一個核苷酸不同。
白宮是在1月31日宣佈禁止來自中國的遊客入境,從2月3日起實施。在此之前,一些旅客僅在部分機場接受了症狀篩查。直到後來,衞生官員才意識到病毒可以在症狀出現之前傳播,導致基於症狀的篩查不完善。
**特朗普在2月宣佈,**病毒已得到控制,不會對美國公眾構成風險。
研究發現,直到2月底,急診室都很少去篩查新冠病毒感染,因此無法確診這是一種日益嚴重的流行病,但1月底和2月初在一些社區的傳播有限。
該研究作者之一、西雅圖弗雷德·哈欽森癌症研究中心的Trevor Bedford一直在使用新冠病毒的遺傳密碼跟蹤大流行。他在週五的一封電子郵件中説,去年12月或今年1月,美國可能出現了一些未被發現的新冠肺炎病例,但剛好流感季正處於高峯期。
Bedford説:“僅從一月份的症狀來看,幾乎可以肯定是流感或其他呼吸道感染。”
遺傳分析發現,華盛頓和加州最早的感染來自中國。隨後在二月和三月從歐洲引入了該病毒。
發表在**《Science》上的研究分析了從2月29日至3月18日在西奈山衞生系統接受治療的84名患者身上採集的新冠病毒遺傳信息。作者總結説,這些信息表明在2020年3月的前幾周在紐約市發現的大多數病例都是****從歐洲引入的**。
圖片來源:Science
特朗普於3月11日宣佈了歐洲大部分地區的旅行禁令,並於3月13日生效,但英國和愛爾蘭最初沒有被包括在內。
Ana Gonzalez-Reiche及其同事們寫道,旅行限制幾乎沒有起到阻止病毒傳播的作用,因為社區驅動的傳播已經在發生。
CDC的副主任Anne Schuchat此前承認,美國官員在瞭解病毒從歐洲傳播的程度方面行動遲緩。
那麼,白宮的旅行禁令是否來得太晚,以至於無法從一開始就阻止疫情的爆發?
美國CDC的Jay Butler博士説,這項研究的目的不是為了評估這一點。他説:“重要的是要認識到旅行禁令是為了減緩病毒的傳播。我們知道,新冠病毒完全不可能被美國拒之門外的。”
Worobey説,病毒的第二次傳播可能來自加拿大。他説:“由此看來,最終在華盛頓州傳播的病毒有可能首先進入温哥華,然後再傳播到華盛頓。我們不能確切地説是什麼時候,也不知道是誰,不知道病毒來自哪裏。”
論文鏈接:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.109322v1
https://science.sciencemag.org/content/early/2020/05/28/science.abc1917