北京新冠病毒序列公佈_風聞

3個最近在北京取樣的新冠病毒序列並不一樣，暗示可能早在1-2個月前，新冠病毒已經在北京社區裏默默傳播了。

撰文 | 史雋

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（截至發稿時的最新數據 ，來源|WHO）

在4月21日的一篇日記《詳解病毒基因序列追蹤流調大法》裏面，我曾經提到過病毒序列共享和Nextstrain這個計劃。

一場流行病暴發以後，世界各國的科學家們都會測序新收集到的病毒樣本。因為疫情緊急，很多科學家會把尚未發表的病毒基因序列上傳到一些共享數據庫 (例如GISAID)，和全世界共享。

西雅圖弗雷德·哈欽森癌症研究中心的Trevor Bedford等病毒進化專家團隊組織了一個名為Nextstrain的項目。科學家們會盡快去把共享的病毒序列下載到Nextstrain的後台，將這些序列納入全球傳播地圖，並在nextstrain.org上公佈新冠病毒的基因組流行病學的最新信息，更新病毒家族樹譜。

Nextstrain軟件平台在過去幾年逐步開發完善，曾應用於埃博拉、Zika和季節性流感等疫情，旨在讓基因組流行病學在疫情期間儘快地發揮作用。今年它也在時刻更新新冠病毒的傳播信息。

今天，Nextstrain的twitter公佈了新的3條新冠病毒基因序列，均來自最近北京暴發的病毒樣本。這3個樣本採集於2020年6月11日，兩個來自於感染者，一個是環境採樣。由中國疾控中心病毒病預防控制所(NIVDC）快速測序並且在GISAID共享。

這3個序列落在一個進化簇中，該簇包含了很多來自歐洲的樣本(圖1，上下兩幅)，和2020年3月19-20日採樣的3個輸入北京的病毒的基因序列很不一樣。

圖1 全球新冠病毒家族樹譜。上圖以取樣時間為橫座標，下圖以突變的數目為橫座標。（點擊看大圖）

在全球架構中，和這3個北京的序列最接近的序列來自捷克、中國台灣、希臘和葡萄牙（圖2）。因為Nextstrain最近精簡了數據庫裏的很多重複的序列，還不能確認北京的病毒到底來自什麼地方。

圖2（點擊看大圖）

如果按地區分佈看，在亞洲架構中（圖3），北京的序列和來自捷克、中國台灣、丹麥、哥倫比亞、以色列和奧地利的序列很接近。

圖3（點擊看大圖）

在歐洲架構中（圖4），北京的序列和來自捷克、丹麥等許多歐洲國家的序列很接近，其中和來自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1個突變。

圖4（點擊看大圖）

因此從基因序列分析來看，北京最近傳播的新冠病毒與歐洲流行的病毒有關。但是因為與許多國家/地區的序列類似，還無法定論它可能起源於何處，何時傳入北京的。

最後，最重要的一點，北京的3個病毒基因序列雖然接近，但都不相同。樣品 (1) 和樣品 (2、3) 之間已經有兩個突變 (圖5)。其中第一步突變（A29694C）樣品（2、3）都有，但是第二步突變是不一樣的 (C12085T和A11910G)。這暗示了在暴發之前，新冠病毒可能已經在北京社區裏默默傳播了一段時間。因為新冠病毒的變異速度不算快，平均每月突變兩次。如果是一個點 (新發地市場) 短時間內的暴發，病毒的基因序列很大可能是一樣的。

圖5（點擊看大圖）

以前的日記裏面也講過 (詳見《開棺驗屍：各國到底何時起出現新冠病毒感染 | 117疫情觀察》)，世界很多地區，例如美國的西雅圖和紐約，法國巴黎等，新冠病毒都是在社區裏默默地、不被人們所意識到地傳播了1-2個月，才引起了全面的暴發。北京的新冠病毒的社區傳播很可能也在1-2個月之前就開始了。

參考文獻

https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512