來源的調查綜述 (初稿)_風聞
有嘲gether-2021-05-13 11:39
作者:趙盛燁
2021年1月22日
目 錄
摘要1
第1章 緒論1
第2章 病毒的自然進化2
2.1 自然變異2
2.2 自然嵌合3
2.3 邏輯計算4
第3章 人工嵌合病毒研究5
3.1 研究團隊介紹5
3.2 研究成果介紹5
3.3 本章小結16
第4章 關係分析17
第5章 安全風險19
5.1 違背政府要求進行研究19
5.2 不遵守生物實驗規範20
5.3 向不可控的第三方分享科學成果20
5.4 安全風險連帶事件21
5.5 本章小結23
第6章 結論與思考23
附錄24
參考文獻24
致謝25
摘要
2019年開始,新型冠狀病毒的爆發對全人類的生命安全帶來了極為嚴重的威脅,隨之而來的是各國政府和民眾對病毒來源的猜測。但病毒的追蹤溯源是一個嚴肅的科學問題,不能只依靠推測和推斷就能鎖定起源,也不能一開始就以“陰謀論”的思維限定於人工製造,更不能不經過調查就將病毒的來源臆測為自然產生,以上無論哪一種思維都是不尊重科學的不嚴謹行為。
因此作者站在公正的第三方角度上檢索科研資料及能夠採信的新聞信息,同時拋開與政治和輿論相關的內容。作者不會首先預設結論,然後再基於各方面的科學研究方法進行理智客觀的分析,從而使本文的結論確鑿可信。
文章首先以世界最新的病毒學理論研究為基礎,在分子生物學的相關知識指導下建立了冠狀病毒RNA自然變異和進化的理論模型,並依照該理論模型計算SARS-Cov病毒進化為SARS-Cov-2(即COVID-19)病毒的概率,分別通過RNA分子單鹼基突變和自然嵌合突變的計算,得出了病毒來自人工嵌合的概率結果。
在病毒來自人工嵌合的概率結果基礎上,作者通過對病毒學期刊、論文的檢索,綜述了人類科學家目前最頂級的研究成果,並通過對這些成果的分析,進一步建立了科研社會關係模型。
在科研社會關係模型的基礎上,作者依照顯而易見的邏輯分析和現實事件對比,揭示了不遵守科學研究職業道德和相關規章制度所帶來的嚴重後果,從而警示人類科學家應進一步恪守底線,通過嚴謹踏實的科學求證過程造福人類社會。
【關鍵詞】COVID-19, SARS-Cov-2, 新型冠狀病毒, 病毒溯源, 疫情分析, 病毒學基礎
第1章 緒論
“人類生存在地球上,地球孕育並繁衍了人類,從大約50億年前,這顆星球逐漸形成,便開始了孕育生命的準備過程,今天的人類離不開地球,今天的地球也離不開人類。然而這一些都是人類的主觀觀點,事實上如果地球上沒有人類,也許一切會更美好。”曾經有一位外國朋友如是對作者説。
作者完全不贊同這位朋友的觀點,因為也許沒有人類的地球不會更糟糕,但是沒有人類的地球一定不會更美好,因為如果我們都不在了,誰還能來判定美好呢?人類與地球是相互依存的關係,地球的災難就是人類的災難,人類的災難也是地球的災難。地球上各個國家的人類只有互相求同存異,相互合作、相互交流、相互促進發展,這個地球才會更加美好。
沒有人可以阻止人類命運共同體的發展,即便是神,那也不行。
公元2019年襲來的新冠病毒給人類帶來了百年中的第一次瘟疫大流行,人類社會的經濟、政治、文化都遭遇到了前所未有的嚴峻挑戰。那麼,新冠病毒是什麼?這種病毒有什麼特性?這種病毒到底來自於哪裏呢?作者不預設結論的撰寫本文,力圖通過科學的方法和科學的過程解讀新冠病毒,並解決病毒的溯源問題。
圖1.1 COVID-19溯源流程及科學方法
第2章 病毒的自然進化
地球上的生命是多種多樣的,既有土壤中極為微小的微生物,也有常見的動物和植物,而人類只是眾多種類地球生命中的一種。儘管從歷史上看,生物學家對於生命的分類有很多種劃分方法,但從現代分子生物學角度來看,生命只有DNA生命和RNA生命兩種,人類是前者,新型冠狀病毒是後者。
DNA是脱氧核糖核酸,由ATGC四種鹼基組成,RNA是核糖核酸,由AUGC四種鹼基組成。無論是DNA還是RNA,都是生命的遺傳物質,DNA生命中既包含DNA也包含RNA,RNA生命中只有RNA,與RNA生命相比,DNA生命因為包含的鹼基數量較多,雙鏈DNA(dsDNA)的遺傳結構較為穩定,因此會顯得相對複雜和高級。單鏈RNA(ssRNA)遺傳結構不穩定,容易發生多種多樣的變異。除了前文所述的內容,生命中也有單鏈DNA(ssDNA)和雙鏈RNA(dsRNA),二者均不在本文的研究範疇內。
RNA當中四種鹼基冗長的排列順序決定了該遺傳物質產生的蛋白質屬性,其合成的蛋白質是多樣的,這就包括有特定功能的蛋白質酶(Enzyme)。這種酶是大分子,它一般是由多肽鍵(氨基酸脱水縮合)構成的肽鏈(Peptide Chain),肽鏈通過其催化基團、結合基團及其在三維空間中的結構特點而具備各不相同的催化和表達特徵。
正是基於前文論述的分子生物學原理,冠狀病毒以其RNA為遺傳載體,在傳播、複製過程中分別產生了刺突糖蛋白(Spike Protein)、包膜糖蛋白(Envelope Protein)、膜糖蛋白(Membrane Protein)等。更具體的來看,被世界衞生組織(WHO)定義編號為“COVID-19”的新型冠狀病毒,其傳播特徵是首先進入人體細胞,然後通過膜融合的“脱殼”過程將自身的RNA介入到人體細胞中,劫持人類細胞的遺傳物質翻譯過程,並利用人體內的物質合成大量RNA(-)和與病毒RNA完全相同的RNA(+),新合成的RNA(-)將依靠其全鏈當中的片段生成多種mRNA(+),mRNA(+)再生成新的蛋白,於是新蛋白與新生成的RNA(+)便可以共同組裝出新的病毒,然後釋放到被感染細胞周邊空間的其他人類細胞當中,從而完成了病毒基因的複製和病毒增殖。
2.1 自然變異
本文所描述的病毒基因複製過程是絕大多數情況下所發生的過程,但我們一般認為其每一次RNA裝配過程都因為細胞所處的物理學環境和化學環境因素影響,而產生差錯的可能,例如一個基因測序片段為UCUGGG的RNA(+),其對應的RNA(-)為AGACCC,而在不穩定的複製過程中很可能變成了UCACCC,這樣再生成RNA(+)時就會變為AGUGGG。這樣的複製結果即為病毒發生了變異。儘管對單體病毒而言,變異發生的可能性是相對小概率的,但是在病毒具有一定基數的背景下產生變異的現象卻是必然。(備註:UCUGGG序列來自於《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》論文對新冠病毒的RNA片段測序,其原文為TCTGGG,系因為當前地球人類科學家的測序儀不能對RNA中的U鹼基進行識別,為了避免引起歧義並對RNA進行更科學的描述,本文將T替換回U進行了表述。)
當病毒RNA在複製過程中產生變異,其單個鹼基可能變異為其它的鹼基或者是被一組鹼基替換,例如AGA可能變異為AAA、ACA、AUA或者AxA,其中x={ AGA ,AA,…},即x代表某一串鹼基。因此設m為RNA的鹼基測序長度,我們得出單個鹼基變異為某一固定樣式的概率為:
Pc(m)=1/(4^m)
以其中一個COVID-19病毒樣本的RNA測序結果為例,其基因組序列是具有29903bp的單鏈RNA,得出在自然變異狀態下取得單一鹼基固定變異結果的概率為1/(2.5114277*10^18003),而2.5114277*10^18003是一個大到無法用文字讀法描述的數值,因此這代表在如此眾多的變異版本當中找到這個固定方向的自然變異病毒是一件幾乎不可能的事情。
值得人類慶幸的是,病毒在複製過程中所產生的變異絕大多數都是無效或者無意義的,因為在多數情況下單個鹼基的變化並不能改變其蛋白質的合成,因此具有變異鹼基RNA的病毒個體遵循自然選擇原理,其結局包括:(1)自然消亡;(2)攜帶變異點位繼續保持相似的特性進行傳播;(3)攜帶變異點位併產生新的特性進行傳播並逐步消亡;(4)攜帶變異點位併產生新的特性進行傳播並大範圍擴散等。它們分別對應着殘疾病毒、弱變異病毒、退化病毒、進化病毒,其中只有最為罕見的第4種情況會對人類帶來更大的威脅。此外,人類科學家也經常利用病毒變異的原理建立病毒RNA族譜,根據不同的鹼基變異點位確定病毒傳播的路徑和先後順序。
2.2 自然嵌合
在自然界當中,生物之間的嵌合也是一種偶發的現象,這是對一種生物細胞攜帶了另一種生物細胞特性的總稱,例如讓馬的子代含有驢子的特徵,這一雜交過程就是生物嵌合的一種。而本文所引用的嵌合特指病毒RNA之間的遺傳基因嵌合。
SARS-Cov病毒與HIV-1病毒同屬於RNA病毒,當兩種病毒同時感染了空間中相同的一個人類細胞以後,由於前文所述的病毒複製增殖過程,可能會在RNA複製期間產生裝配錯誤,該裝配錯誤屬於自然變異的一種,即本文2.1章節中舉例所指AGA變為AxA的過程中的一種特例。
2020年初,印度學者Prashant Pradhan(Kusuma School of biological sciences, Indian institute of technology)等人撰寫了《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》一文,表達的思路是,在COVID-19病毒的刺突糖蛋白(S)中發現了4個嵌入點位,這是該病毒所獨有的,其他冠狀病毒中沒有這些嵌入片段。重要的是,所有4個嵌入點位中的氨基酸殘基均與HIV1gp120或HIV-1Gag中的氨基酸殘基具有相同性或相似性。該文作者隱含的表述了有人使用了基因編輯技術將SARS-CoV的RNA進行了編輯,在其中插入了四段HIV病毒的片段,製造了SARS-CoV-2病毒。這四個片段的共同作用使SARS-CoV-2病毒比SARS-CoV的傳播能力更強了。
隨後,旅美華人(僑)Chuan Xiao(Department of Chemistry and Biochemistry, The University of Texas at El Paso, El Paso, TX, USA)等人撰寫了《HIV-1 did not contribute to the 2019-nCoV genome》一文,認為這四個RNA片段不只是在HIV-1病毒中特有的,而且研究人員在2013年也發現了這幾個片段存在於蝙蝠感染的冠狀病毒當中,這證明印度學者所猜測的結果並不準確,於是Prashant Pradhan對論文進行了撤稿處理。
本文無意在雙方的爭執當中佔有立場,但雙方論文的研究過程及其中間數據均可以佐證一個事實,即與SARS-CoV相比,COVID-19(也稱SARS-CoV-2)病毒新增了四個外源嵌入的RNA片段,儘管目前依然不能確定該四個片段是否直接來自於HIV-1型RNA病毒或者其它細菌,但是我們可以計算其自然產生的概率。
設嵌入4個RNA片段的事件為Q,被引入RNA來自於OTH生物體,蝙蝠或人類或駱駝等生物患有SARS-CoV的概率為P(SARS-CoV),兩種病毒出現在相同細胞的概率為P(Cell),則有:
P(Q)= P(OTH)*P(SARS-CoV)* P(Cell)*Pc(m)^4
為了使公式説明的更直觀,本文用思維實驗的方式帶入數據驗證。
思維實驗:設OTH生物體為蝙蝠自帶,即設P(OTH)=1,用極限法擴大數據認為所有蝙蝠都攜帶這種基因,設P(SARS-CoV.bat)=1即用極限法擴大數據認為所有蝙蝠都攜帶有SARS-CoV病毒,同時還需要設兩種基因存在於相同的蝙蝠細胞中,即P(Cell)=1,則有P(Q)= Pc(m)^4。基於本文2.1章節所述,病毒自然變異的概率Pc(m)的數值無限接近於0,則Pc(m)^4也是無限接近於0的結果。因此病毒在自然進化的角度上完成其具有該特徵的自然嵌合進化也是一件幾乎不可能的事情。
2.3 邏輯計算
邏輯運算是數學計算的重要組成部分,本文引入邏輯運算對與病毒進化相關的問題進行分析。
設SARS-CoV進化為COVID-19的事件為Event,則有:
PB(Event)=PB(A)∧PB(B)∧PB(Manmade)
其中A為非嵌合類自然變異、B為自然嵌合、C為人工嵌合,相當於(PB(A)∧PB(B))與PB(Manmade)為互斥事件,P(Q)∈Pc(m),則有:
PB(Event)= Pc(m) + PB(Manmade)
基於世界衞生組織已經確認了SARS-CoV向COVID-19的進化,則PB(Event)=1,為了最大程度的減少爭議,本文放大PB(A)的數值到0.1%,按照本文2.2章節所述思維實驗則有P(Q)= 0.000000000001。
由此可得PB(Manmade)=0. 998999999999,這個數值説明了人工嵌合病毒的概率大於99.9%,本文站在公正的第三方角度上進行分析,不會首先預設結論,在此基礎上基於各方面的科學研究方法進行理智客觀的分析,從而使我們的結論確鑿可信。正是基於這樣的思維,促使本文作者進一步在基因工程和病毒學研究領域進一步學習和研究,從而展開了其餘篇章的論述。
第3章 人工嵌合病毒研究
在COVID-19病毒爆發的初期,很多中國研究人員認為人類不可能對RNA病毒進行基因改造或者培育,事實上這背離了辯證唯物主義中對於事物是不斷變化發展描述的科學思維,也是一種無知的表現。
事實上,隨着人類科學家對生物遺傳基因認識的不斷加深,冠狀病毒的複製、翻譯機制也逐漸明晰,通過人類現有的技術手段對冠狀病毒基因進行克隆、改造、嵌合已經是一項成熟的技術,只是由於這項技術只掌握在美國少數幾位科學家團隊手中,才很少被世人所知。在新冠病毒爆發以後,我們重點學習了堪稱“冠狀病毒之父”的Ralph S. Baric教授之相關研究成果,為了避免引發歧義,本文將通過直接引述附加科學評價的方式敍述其人工製造RNA病毒的研究進展及相關方法。
3.1 研究團隊介紹
依據國際慣例,本文在引述其研究成果之前,將介紹研究者的基本信息,以表尊敬。Ralph S. Baric教授,男,1954年出生於美國,微生物學專家,全球首席冠狀病毒科學研究者,1977年本科畢業於北卡羅萊納州州立大學,1983年碩博連讀畢業於北卡羅萊納州州立大學,1982至1986年在南加利福尼亞大學醫學院微生物學和神經病學實驗室從事博士後研究工作。1986年3月至1990年6月在北卡羅來納大學教堂山寄生蟲學和實驗室任實踐系助理教授,1990年7月至1993年6月在北卡羅來納大學教堂山流行病學系任助理教授,1993年至2001年7月在北卡羅來納大學教堂山分校流行病學系任副教授,1993年7月至2001年在北卡羅來納大學教堂山微生物學和免疫學系任副教授,2002年7月至今在北卡羅來納大學教堂山微生物學和免疫學系流行病學系任教授。
Baric教授的成就包括但不限於1987年獲得美國傑出青年稱號,1989-1994是美國心臟協會常設調查員,2004年成為《病毒學雜誌》編輯委員會成員,2004年獲得世界技術進步獎.病毒學B研究科常任成員,美國生物科學專家組(BSEG)成員,2009年入選美國太平洋西北區域英才中心內部諮詢委員會成員,為美國國家科學院提供醫學分級選擇因子的基因序列方法研究,2010年成為美國科學院微生物學學院研究員。
Baric教授多年以來致力於冠狀病毒的研究、克隆、基因改造工作研究,同時注重人員和團隊的培養,為病毒研究領域培養了45位以上的高級研究人員,其中包括:德特里克堡美國陸軍傳染病醫學研究所分子和轉化科學處的Allison Totura(主攻SARS病毒方向)、美國陸軍研究所逆轉錄病毒科的Sheila Peel高級研究員、美國聯邦藥物管理局的Damon Deming、美國退伍軍人事務部的Matthew Friedman教授、美國食品和藥物管理局(FDA)的Patrick Harrington、美國陸軍傳染病醫學研究所的高級科學家Lisa Hensley、美國食品和藥物管理局的Eric Donaldson博士等。
3.2 研究成果介紹
Baric教授自1983年以來,以自身名義,或者作為指導教師,總計發表400餘篇論文,我們節選了部分論文及其摘要,以便於公眾瞭解其在微生物領域所作的非凡貢獻。本文作者使用機器翻譯的方法對各個論文的摘要部分進行了翻譯,沒有充足的時間進行系統的人工校驗,也有許多文字識別錯誤,不足之處將在未來版本中進行改善。
(1)1983年6月,Michael M.C.Lai,Chris D.Patton,RALPH S.BARIC,Stephen A.StoHLMAN等人撰文《Presence of Leader Sequences in the mRNA of Mouse Hepatitis Virus》,透露:“為了確定小鼠肝炎病毒mRNA的結構和合成機制,研究了7種小鼠肝炎病毒株A59細胞內mRNA物種的大RNaseTI耐藥寡核苷酸的地圖位置。我們發現,除了一個寡核苷酸之外,所有的寡核苷酸都被映射在每個mRNA中的位置上,這與小鼠肝炎病毒mRNA的嵌套結構、階梯狀結構一致(Lai等人,J.Virol。 39:823-834)。 然而,一個寡核苷酸,10,被定位在每個mRNA和病毒基因組RNA的5‘端附近。 換句話説,寡核苷酸10,因此,mRNAs的5‘端周圍的序列與基因組序列不是共線性的。 由於這種寡核苷酸在基因組RNA中只存在一次,這一結果表明,寡核苷酸10不是從基因組模板上的多個位點轉錄的,而是代表在mRNA轉錄過程中連接到不同mRNA的體序列的一個先導RNA序列。 這為小鼠肝炎病毒(即細胞質病毒)的mRNAs中存在領導者序列提供了迄今為止最直接的證據。”在此後的多年裏,Baric教授致力於這種冠狀病毒的分子生物學研究,包括RNA的轉錄、翻譯、蛋白質合成等研究,並以第一人稱發表了數十篇高質量論文。
(2)1986年3月,SHINJI MAKINO,JAMES G. KECK, STEPHEN A. STOHLMAN, AND MICHAEL M. C. LAI等人撰文《High-Frequency RNA Recombination of Murine Coronaviruses》,指出“冠狀病毒的RNA基因組由單個非分節RNA組成。 在這篇通訊中,我們證明了不同菌株的小鼠冠狀病毒的RNA基因組在混合感染過程中以非常高的頻率重組。 易感細胞與一株小鼠肝炎病毒(MHV)的温度敏感突變體和一株不同菌株的野生型病毒共感染。 在21種隨機分離的病毒中,在不允許的温度下從共感染的細胞中釋放出來,其中2種是重組位點不同的重組體。 在混合感染產生的原始病毒庫的三個連續傳代後,大多數後代病毒是重組體。 這些重組病毒代表了兩個親本MHV株之間至少五個不同的重組位點。 這種在MHV非分段RNA基因組之間的高頻重組表明,在MHV複製過程中可能會產生分段RNA中間體。我們提出MHV的RNA複製以不連續和非連續的方式進行,從而產生遊離的分段RNA中間體,可通過複製選擇機制用於RNA重組。”Baric不是這篇文章的作者,但是他在該文發表之前對原作者進行了批評指正。
(3)1989年12月,RALPH S. BARIC,KAISONG FU,MARY C. SCHAAD,AND STEPHEN A. STOHLMAN等人撰文《Establishing a Genetic Recombination Map for Murine Coronavirus Strain A59 Complementation Groups》,指出:“採用基因重組技術分離並表徵了MHV-A59温度敏感突變體,代表一個RNA和五個RNA互補基團。 最大重組頻率發生在感染倍數大於10的情況下,其中99.99%的細胞被共感染。 不同TS突變體之間的重組頻率在感染期間穩步增加,並在病毒生長週期的後期達到峯值。這些數據表明重組是病毒複製週期中的一個晚期事件。重組頻率也被發現從63到20000倍以上的自發迴歸頻率之和的每個TS突變體在交叉使用。利用標準的遺傳重組技術,將MHV-A59的五個RNA互補基團排列成一個加性的、線性的遺傳圖譜,位於23酶區基因組的5‘端。 這些數據表明,至少有五種不同的功能編碼在MHV聚合酶區,在病毒轉錄中起作用。 此外,使用特徵良好的TS突變體,整個32kb的MHV基因組的重組頻率接近25%或更多。這是描述的非分段、線性、加極性RNA病毒的最高重組頻率。” 這是Baric首次在文章中正式提及基因重組對病毒的影響,也正是這篇文章開始了他在冠狀病毒RNA領域的更深入研究。
(4)2000年5月,BOYD YOUNT,KRISTOPHER M. CURTIS, RALPH S. BARIC等人撰寫了《Strategy for Systematic Assembly of Large RNA and DNA Genomes: Transmissible Gastroenteritis Virus Model》,介紹其團隊“開發了一種組裝大型RNA和DNA病毒功能全長基因組的系統方法。 冠狀病毒含有自然界中最大的單鏈正極性RNA基因組。長度為30kb的基因組,再加上基因組不穩定的區域,阻礙了全長感染性cDNA結構的發展。構建了豬傳染性胃腸炎病毒(TGEV)的完整傳染結構。採用一種新的方法,分離了六個相鄰的cDNA亞克隆,它們跨越了整個TGEV基因組。 每個克隆都是用獨特的側翼相互連接的連接來設計的,這決定了一個精確的系統組裝,只有相鄰的cDNA亞克隆,從而形成了一個完整的TGEVcDNA結構,長度為28.5kb。 來自全長TGEV結構的轉錄本具有傳染性,子代病毒在允許的宿主細胞中連續傳代。病毒抗原的產生和亞基因組mRNA的合成在感染和整個傳代過程中都是明顯的。從感染性結構中提取的菌斑純化病毒有效複製,並在允許的宿主細胞中表現出相似的菌斑形態。 在豬和貓起源的細胞中,分子克隆病毒和野生型病毒的宿主範圍表型相似。 重組病毒通過獨特的相互連接連接的連接進行測序,最終證明了標記突變和限制性位點被設計成組分克隆。 TGEV的全長感染性結構將允許冠狀病毒基因組的精確遺傳修飾。 我們設計的產生TGEV傳染性cDNA結構的方法在理論上可以用於精確重建長度接近數百萬鹼基對的微生物或真核基因組。”這是Baric首次提出這種可以改造病毒基因的方法。
(5)2001年5月21日,Ralph S.Baric,Haw River,NC(美國);Boyd Yount,Hillsborough,NC(美國)等人為《DIRECTIONAL ASSEMBLY OF LARGE VIRAL GENOMES AND CHROMOSOMES》申請了美國國家專利(US006593111B2),專利涉及到“大型基因組的定向組裝,更具體地説,涉及大型病毒基因組的定向組裝”,系全長的、功能完整的基因組或染色體與基因組的部分cDNA或DNA亞克隆定向組裝。這種方法促進了基因組和染色體在體外的重構,以重新導入到一個活的宿主,並允許選擇的誘變劑ESIS和遺傳操作的序列在體外重新組裝成一個完整的基因組分子,以重新導入到相同或不同的宿主。這種方法還提供了一種替代重組介導的技術Niques來操縱高等植物和動物以及細菌和病毒的基因組。該專利不限於組裝全長的功能性冠狀病毒基因組。目前的發明者已經成功地組裝了一種傳染性胃腸炎病毒(TGE)的全長傳染性克隆)。採用一種新的方法,分離了六個相鄰的cDNA亞克隆,它們跨越了整個TGE基因組。 每個克隆都是用獨特的側翼相互連接的連接來設計的,這決定了一個精確的、系統的組裝,只有正確的相鄰的cDNA亞克隆,從而形成了一個完整的TGECDNA結構,長度約為28.5kb。從全長TGE結構中提取的轉錄本被發現具有傳染性,後代病毒在允許的宿主細胞中連續傳代。 病毒抗原和亞基因組m RNA的合成在感染和整個傳代過程中都是明顯的。 從感染結構中提取的菌斑純化病毒被發現在允許的宿主細胞中有效地複製。 重組病毒被測序為獨特的相互連接的連接,最終形成了獨特的標記突變和限制性位點,這些位點被設計成組分克隆。 除其他優點外,TGE的全長傳染性克隆每個MIT的冠狀病毒基因組的精確遺傳修飾。該專利於2003年7月獲得授權。此後幾年,Baric一直致力於多種冠狀病毒RNA的基因重組、嵌合研究。
erts, Damon Deming , Christopher D. Paddock , Aaron Cheng , Boyd Yount, Leatrice Vogel, Brian D. Herman1 , Tim Sheahan , Mark Heise, Gillian L. Genrich , Sherif R. Zaki , Ralph Baric, Kanta Subbarao發表論文《A Mouse-Adapted SARS-Coronavirus Causes Disease and Mortality in BALB/c Mice》,論文指出“嚴重急性呼吸綜合徵(SARS)的單一動物模型無法再現人類疾病的各個方面。年輕的近交系小鼠支持SARS冠狀病毒(SARS-CoV)在呼吸道的複製,並且有足夠的數量用於統計評估。它們相對便宜並且容易獲得,但是它們在SARS研究中的應用是有限的,因為它們不會在感染後發展成疾病。年齡較大(12-14個月大)的BALB/c小鼠會出現臨牀疾病和肺炎,但很難獲得,免疫衰老使發病機制研究複雜化。我們通過在年輕BALB/c小鼠呼吸道中連續傳代來適應SARS-CoV(Urbani株)。15代產生了一種病毒(MA15),經鼻接種後對小鼠是致命的。在致死之前,病毒在肺部迅速和高滴度複製,病毒血症,病毒傳播到肺外部位,並伴有淋巴細胞減少、中性粒細胞增多和肺部病變。豐富的病毒抗原廣泛分佈於支氣管上皮細胞和肺泡肺細胞,壞死的細胞碎片存在於氣道和肺泡中,只有輕度和局灶性肺炎。這些觀察結果表明,感染MA15的小鼠死於一種壓倒性的病毒感染,病毒介導的肺細胞和纖毛上皮細胞廣泛破壞。MA15病毒有6個編碼突變,與適應性和毒力增加有關;當引入重組SARS冠狀病毒時,這些突變導致高毒力和致命性病毒(rMA15),複製了生物衍生的MA15病毒的表型。鼻內接種MA15可複製嚴重人類SARS病例中所見疾病的許多方面。MA15病毒的可用性將增強SARS小鼠模型的使用,因為感染MA15會導致發病率、死亡率和肺部病理學。”這也是2020年社會廣泛爭議的“MA15”嵌合基因的最早來源。
(15)2012年4月,Jeremy Huynh, Shimena Li, Boyd Yount, Alexander Smith, Leslie Sturges, John C. Olsen, Juliet Nagel, Joshua B. Johnson, Sudhakar Agnihothram, J. Edward Gates, Matthew B. Frieman, Ralph S. Baric , Eric F. Donaldson等人發表論文《Evidence Supporting a Zoonotic Origin of Human Coronavirus Strain NL63》,指出“自2005年在中國馬蹄蝠中發現SARS樣冠狀病毒以來,蝙蝠與冠狀病毒的關係受到了廣泛關注。從那時起,全世界有幾隻蝙蝠被證明在糞便中脱落了冠狀病毒序列,可能還有冠狀病毒;然而,沒有一隻蝙蝠冠狀病毒從自然界中分離出來。此外,很少有蝙蝠細胞系或試劑可用於研究蝙蝠細胞中的CoV複製或用於分離適應特定蝙蝠物種的bat-CoV。在這裏,我們通過分子鐘分析表明,來自北美三色蝙蝠的α冠狀病毒(_x005f_x0001_-CoV)序列被預測與人類CoV(HCoV)-NL63具有共同祖先,這些病毒之間最近的共同祖先大約發生在563至822年前。此外,我們從這種蝙蝠的肺中培養出永生化蝙蝠細胞系,以確定這些細胞是否能夠支持HCoVs的感染。當SARS-CoV、小鼠適應的SARS-CoV(MA15)和帶有早期人類毒株尖峯基因的嵌合SARS-CoV複製效率低下時,HCoV-NL63在這種蝙蝠的永生化肺細胞中複製了多次傳代。這些觀察結果支持這樣的假設,即人類冠狀病毒能夠建立人獸共患病的反向人獸共患病傳播循環,使某些冠狀病毒能夠在蝙蝠和包括人類在內的其他哺乳動物的毒株之間容易地循環和交換遺傳物質。”論文表明,Baric團隊一直致力於研究冠狀病毒跨物種傳播的相關原理,在世界範圍內廣泛收集可能導致新型冠狀病毒向人類傳播的方式方法及相關證據。
(20)2015年9月,Vineet D. Menacherya , Boyd L. Yount Jr.a , Amy C. Simsa , Kari Debbinka,b, Sudhakar S. Agnihothramc , Lisa E. Gralinskia, Rachel L. Grahama , Trevor Scobeya , Jessica A. Plantea , Scott R. Royala , Jesica Swanstroma , Timothy P. Sheahana, Raymond J. Picklesc,d, Davide Cortie,f,g, Scott H. Randelld , Antonio Lanzavecchiae,f, Wayne A. Marascoh, and Ralph S. Baric發表論文《SARS-like WIV1-CoV poised for human emergence》,認為“人畜共患疾病的爆發對人類疾病和全球經濟都構成了威脅。儘管有大量的宏基因組學研究,利用這些數據集來確定未來威脅的方法還不成熟。在這項研究中,我們描述了一種方法,結合現有的宏基因組數據和反向遺傳學工程試劑,以評估出現和潛在的致病循環人畜共患病毒。以嚴重急性呼吸綜合徵(SARS)樣病毒為研究對象,結果表明WIV1冠狀病毒(CoV)簇具有直接感染的能力,在人羣中的傳播有限。然而,體內衰減表明流行病需要額外的適應。重要的是,現有的SARS單克隆抗體在限制病毒感染方面取得了成功,而現有的疫苗方法卻沒有。” 這篇文章是在美國政府因安全問題停止了SARS研究經費贊助的情況下進行的。該論文是人類首次對WIV1的尖峯蛋白和野生SARS-Cov進行嵌合實驗,同時根據RNA序列研究顯示,現有的COVID-19病毒具有SARS-Cov和WIV尖峯蛋白的共同特徵,是否起源於本次實驗或本次實驗的後續實驗則有待調查。
(25)2019年年末,中國科學家正式檢測到新型冠狀病毒(COVID-19或SARS-Cov-2)的爆發。
3.3 本章小結
Baric教授及其團隊近40年以來致力於冠狀病毒的研究工作,擁有眾多的研究成果及知識產權,其發明的多種病毒嵌合改造方法既可以用於研發新型病毒,也可以用於以實驗為目的的人工病毒製備工作。以編號為US007618802B2及編號為WO 2005/035712 A2的專利為例,均有美國馬里蘭州德特里克堡的人員被列為共同發明人,這種做法更有利於隱蔽式的分享專利,使德特里克堡實驗室的工作人員在今後的病毒製備中不必再為此支付專利費用。
2014年10月,奧巴馬政府認為Baric實驗室使用SARS、MERS和流感等病毒進行功能獲得性(Gainof function)改造的研究,對公共健康構成的潛在威脅,通過白宮科技政策辦公室聯合美國衞生與公眾服務部發布禁令,宣佈中止對類似研究的資金資助,並要求相關領域的研究人員立即停止相關的研究,直到研究項目的風險和收益被美國國家生物安全科學顧問委員會(NSABB)和美國國家學院國家科學研究委員會(NRC)的專家進行評估後方可繼續。此後再發表論文時,Baric教授團隊明顯更加謹慎了,但該團隊僅僅不再接受這項支助,研究項目及病毒嵌合的工作卻沒有因為奧巴馬政府的命令而停止。
綜上,嵌合病毒的方法發明自Baric教授,其團隊擁有人類科學家中最權威的解釋權和最強的嵌合病毒能力,因部分專利屬於世界專利,如果各國科學家在病毒研究過程中產生了此項需求,需要向該團隊進行申請並繳納專利授權使用費。但無論從科學研究安全性還是從科研倫理學角度來看,研發嵌合病毒以及在此基礎上進行病毒感染研究都是應該反對和抵制的。同時,嵌合病毒是一個較為複雜的過程,該過程中所使用的專業技術、專業軟件均為該團隊特有。此外,對嵌合技術有幫助的輔助軟件、基因比對設備、大數據平台也均為美國特有,任何人使用都需要授權並留有使用痕跡。因此,世界上如果有未經美國授權的嵌合技術病毒產物,其嵌合過程一定發生在美國,這包括Baric教授的實驗室或者與其有相同專利使用權限並有其畢業學生工作的德特里克堡(Fort Detrick)實驗室。
第4章 關係分析
生物與化學科技是美國當代快速發展的基礎之一,第二次世界大戰以後,美國國內政治經濟環境穩定,這為美國吸納了大量的技術人才。在充分吸收並融合歐洲國家生物科技成果、前蘇聯生物科技成果、日本(原)731部隊實驗結果的基礎上,美國的生物科學研究得到了長足的發展。
本章小結,本章節中展示的多方面關係人物之關聯信息在關係圖表中展示以後,可以清晰的發現,美國第45任總統特朗普(Donald John Trump)在新冠病毒(COVID-19)爆發時,對美國的微生物研究、病毒研究、藥品研究有着充分的控制能力,同時也有多方面的順暢渠道可用於瞭解病毒的危害。本文在新冠病毒的全球爆發原因的問題上保持客觀、科學、嚴謹的立場,不會預設結論,但當此關係圖表建立以後,無疑會令包括本文作者在內的所有社會公眾對特朗普任職期間號召全民不戴口罩、保持密集聚會的行為及其初衷產生質疑。
第5章 安全風險
5.5 本章小結
科學的態度是科學發展的基礎,科學態度既包括細緻嚴謹的科學假設和科學求證過程,也包括科學的工作生活態度,對於一項科學研究應該儘可能的考慮全面,一味貪圖急功近利的做法可能會給研究工作帶來災難性的後果。在生物學和微生物領域的研究尤為如此,稍有不慎就將給人類社會帶來災難性影響。從當前的國際疫情發展形勢觀察,新冠病毒很可能將伴隨人類相當漫長的一段時期,謹希望Baric團隊及在德特里克堡工作的相關團隊,能夠恪守科學研究的底線,嚴格防範安全風險,不要再產生新的不可控泄露事件。
第6章 結論與思考
本文以科學嚴謹的態度,不預設立場的進行了新冠病毒的溯源分析工作。作者首先從病毒的自然變異及自然產生原因開始,設定RNA病毒模型,並在此模型基礎上進行了概率的計算,從而得出了新冠病毒自然起源概率接近於0%,人工嵌合病毒概率大於99.9%的結論。
在此結論的基礎上,本文作者進一步的對美國分子生物學前沿領域和微生物學中病毒學的前沿領域進行了學習,以Ralph S. Baric教授的科研成果為入手點,下載並閲讀了該教授從1983年至今近40年的400餘篇論文研究成果,得出了美國存在病毒嵌合能力,其餘國家不存在病毒嵌合能力的結論。
進一步的,本文通過對Baric教授論文的分析及對可靠新聞線索的蒐集,完成了各方背景及社會關係的調查工作,並在這一工作中發現了第45任美國總統特朗普(Donald John Trump)的多方關係圖譜,在這一圖譜的指引下,本文作者對特朗普總統消極防疫、組織聚集、阻撓檢測、號召不戴口罩的行為初衷和目的進行了合理懷疑。
再進一步的,本文通過對多方材料的整理和觀察,發現了Baric教授團隊存在的部分違規行為,並對這些違規行為可能帶來的風險進行了預判和評估。為了説明這些風險存在的實際可能性,本文還將現實事件導入到風險事件當中,進一步的旁證了本文結論的正確性。
科學是一把雙刃劍,當我們作為科學家揮舞起這把劍時,我們的心中一定要清楚,我們即可能給人類帶來幸福,也可能給人類帶來災難。Baric教授是我崇拜的科學家之一,他把畢生的精力傾注於病毒科學的研究當中,其初衷很可能是為人類未來可能遭遇到的疾病提供解決方案,但因為求功心切或者被軍方隨意竊用了勞動成果,最終將災難引至世界各地。這是何其悲哀的一件事情,一世英名毀於一旦,希望各行業的科學家都能引以為戒,認真嚴格的執行科學實驗規範,恪守道德底線,以一顆無比敬畏的心對待工作當中的每一個細節。
附錄
附錄A,美國Baric教授所發表的,受到德特里克堡生物武器實驗室支助、受到美國軍方其它部門支助的論文和研究項目,參見:https://yunpan.360.cn/surl_yStpFeWgh7i (提取碼:38ce)
附錄B,參考文獻目錄,參見:https://yunpan.360.cn/surl_yStpbyIfdTh (提取碼:6445)
參考文獻
參見:https://yunpan.360.cn/surl_yStRsCGQvbL (提取碼:f5e9)
致謝
感謝我的祖國,讓我們生活在一篇淨土!
感謝為防疫工作奉獻了一切的每一位同胞!
相信堅持正確的領導,我們國家的明天一定會更美好!
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