爭議話題：有更多的證據顯示SARS-CoV-2能夠與人類DNA融合【譯】_風聞
GHTT-观三教九流人等，骂五湖四海畜生。2021-05-15 23:32
新冠病毒作為最近一場世界性傳染病的元兇一直備受關注，但迄今為止，我們對它的瞭解依然有限。去年12月，來自MIT的一羣科學家拋出了一個有些“驚悚”的論點：新冠病毒的部分序列能夠進入人體DNA並長期存在於人體。該文的正式版於此篇報道的發稿日出版於PNAS上，澄清了多數之前引起爭議的地方，也補充了更加翔實的證據。雖然該文的論點容易引起普通人的恐懼，但事實上病毒的遺傳片段被整合入宿主的基因組中，並不是一件少見的事，至少現有的人類基因組中，就存在這大量的這類古代病毒感染事件的“遺物”。當然，我們最初認為這些“遺物”多數來源於逆轉錄病毒（HIV病毒就是一種逆轉錄病毒）；但後來，當人們發現人類和其它動物體內也存在着天然的逆轉錄酶後，這些“遺物”的來源就大大擴大了。因此，本文所討論的內容其實並不是什麼全新的現象，也完全符合固有的理論。我翻譯這篇文章，也是想借此向諸君再次申明：有調查研究才有發言權，看東西別隻看標題，尤其在看到了什麼出乎意料的內容時，要試着仔細理清其來龍去脈，看清楚哪些是事實，哪些是猜測，哪些是媒體的造勢，專注於那些可靠的東西，少受語言的蠱惑，更不要憑自己的臆想去理解事物。科學之所以勝於神學，就是因為它是可以被常人所理解的；如果我們總是靠自己的想象去解讀事件，而不專注於事實本身，就容易產生錯誤，甚至成為謠言的源頭。
【】內為譯者注。
By Jon CohenMay. 2021年6月 2:45 PM
近來，一羣著名的科學家堅定了自己對於所提出的一個頗具爭議的假説的信念：造成大流行的這個新冠病毒能夠將它的部分遺傳物質整合進我們的染色體中，並因此在感染結束後長期存在。儘管有些懷疑者認為，他們的結果不過是實驗室中的人為干涉的產物;但如果他們是對的，那麼【病毒】遺傳物質的插入就可以解釋為什麼有少數人在從COVID-19中康復數月後還會被檢出SARS-CoV-2陽性。
當這項研究的領導者——麻省理工學院的幹細胞學家Rudolf Jaenisch和基因調控方面專家Richard Young——最初於2020年12月將他們的看法發表在預出版網站bioRxiv上時，立即在推特上掀起了軒然大波。儘管這些研究者們強調，病毒【基因】的整合並不意味着從COVID-19中康復的患者仍具有傳染性，但輿論批評他們【的做法】助長了人們對有關基於COVID-19的信使RNA（mRNA）疫苗的恐懼，因為有些人毫無根據的猜測這些疫苗可能改變人類的DNA。（Janesich和Young都強調，他們原創研究的最新結果從來都沒有表明這些疫苗會把其序列合併進我們的DNA中。）
不過，這些研究人員對基於科學的批評持開放態度，並在於今天出版在《【美國】國家科學院院刊》（PNAS）的一篇論文中回應了部分批評意見。Jaenisch説：“現在我們有了確鑿的證據表明，新冠病毒能夠將其序列整合進【宿主】基因組中。”
造成COVID-19的病毒SARS-CoV-2的基因由RNA構成。Jaenisch、Young及其他作者認為，在罕見的情況下，人體細胞內的一種酶可能會複製病毒的序列並將它們插入我們的染色體當中。這種被稱作“逆轉錄酶”的酶由LINE-1【逆轉錄】單元所編碼。這種單元散佈於人類基因組中，佔據了約17%的序列，是歷史上【人類】發生過的逆轉錄病毒感染事件的遺存。在預出版的初稿中，研究者們給出的試管實驗的結果表明，被添加了額外LINE-1單元的人類細胞被新冠病毒感染時，DNA版的SARS-CoV-2序列【譯者：由RNA逆轉錄來】就會遺存在這些細胞的染色體中。
【然而，】許多研究LINE-1單元和其它“逆轉錄子”的專家認為，以上證據並不足以支持這個預出版文章作者的觀點。“如果這些數據出自我手，我那時不會選擇把它提交給任何出版機構。”康奈爾大學的Cedric Feschotte説到。他的主要研究【課題】就是留存於人類基因組中的逆轉錄病毒片段。他與其他一些人還表示，他們【本】希望能看到Jaenisch和Young這個級別的科學家給出更高質量的研究。在另兩個發表於bioRxiv上的後續研究中，批評者們給出的證據表明，這類疑似的“人類-痕量病毒”複合物是這個研究組用來掃描【宿主】基因組【以發現整合的病毒的】技術的一個常見副產物。就像在【其中】一份報告中指出的那樣，這種“人類-病毒”序列“更可能是一個方法學的伴生物，而非原生的逆轉錄、整合和表達的結果”。
在最新論文中，Jaenisch、Young和他們的同事承認他們所用的技術會偶爾導致“人類-病毒”【基因】複合物的產生。“我同意上述觀點。”Jaenisch如是説。他還説，當初次把這篇論文提交給一個期刊的時候，他們知道它還需要更強有力的數據來完善，不過他們希望能在審閲環節再補充這些數據。但是像大多數期刊一樣，該刊要求作者在第一時間將所有關於COVID-19的結果發表在一個【線上】預出版服務器上。“【那時】我其實應該説：‘去你的，老子才不會把它放在bioRxiv上呢。’這【譯者：指提交到預出版上】的確是我的錯。”Jaenisch説。
在這篇新發表於PNAS的文章中，該團隊提供了【更多的】證據表明，人為造物説不足以單獨解釋被檢測到的“病毒-人類”複合DNA的量。這些科學家們還指出，部分LINE-1單元【的序列】存在於被整合入的病毒基因序列兩側，這支持了他們的假説。【譯者：原文如此，但單憑此點不足以支持它們的假説。LINE-1單元本身的作用就是逆轉錄子，LINE-1夾雜病毒序列只能説明病毒的基因片段的確是因為LINE-1的緣故被整合入宿主基因組的，但既然研究者們添加了額外的LINE-1，就並不能説明此種整合是自然發生的現象。但根據下文的描述，這個論點似乎與插入序列的方向有關，具體的我得看看論文原文才能判斷。建議感興趣的讀者也去看論文原文。】他們還與一位原本的懷疑論者、國立癌症研究所的Stephen Hughes進行了合作。這位仁兄建議他們做一個判斷插入的病毒序列相對人類基因序列的方向的實驗，來鑑別這種整合到底是真的還是【實驗背景】噪音【譯者：即由實驗方法所導致的不可消除的誤差。】。Hughes也是這篇新文章的共同作者之一。他説，實驗的結果支持了原來的假説。“【結果顯示，】這個分析其實很重要。”
“【新文章中的】細胞培養實驗的整合數據要比之前發表在預出版物上的可信得多，但仍不能稱得上是確鑿無疑。”Feschotte説。他現在將Jaenisch、Young所做出的假説稱為“具有可行性”的。（他補充説，SARS-CoV-2在沒有整合如人類基因組時也能在體內存在數月。）
但真正的問題是，細胞培養實驗的數據是否與人類健康或疾病診斷相關。“在沒有證據顯示病人體內發生了整合時，我頂多能從這些數據推出，在L1過度表達的被感染細胞系中可能探測到SARS-CoV-2 RNA的逆轉錄回覆【譯者：即逆轉錄得病毒片段在宿主基因修復時被嵌入回宿主基因組】事件。”Feschotte説。“在這個時間點上，有關於這些現象的臨牀或生物學意義——如果有的話——還僅僅只存在於假設中。”
Jaenisch和Young的團隊的確在存活和死亡的COVID-19病人的組織中發現了SARS-CoV-2整合的跡象。具體來説，研究者們發現了一種高劑量的RNA，而這種RNA只有在細胞讀取被整合的病毒DNA以表達蛋白質時才會產生。【譯者：應該就是被逆轉錄的病毒序列的mRNA。】但Young也承認：“我們還沒有關於此的直接證據。”
一個研究遺留在人類基因組中的“古代病毒”的專家，Fred Hutchinson癌症研究中心的Harmit Malik説，去詢問為何那些本應該已經清除了病毒的人們有時仍會在PCR檢測中呈陽性是一件很“合理”的事情。但他也對這是否是由整合的病毒所引起的這種解釋心存懷疑。“在通常情況下，人類細胞中的逆轉錄機制微乎其微。”Malik説。
自十二月以來，關於這篇預出版物的爭議變得極其“平民化”了。Young與Jaenisch説，他們因為這篇預出版物所收到的嚴厲批評要比他們職業生涯中的任何其它研究都多，部分是由於一些研究者擔心這篇文章會淪為疫苗懷疑論者散步關於剛剛獲批的mRNA疫苗的謠言的工具。“如果這世界上有一篇預出版物該被刪除的話，那麼是此篇無疑！考慮到它完全缺乏相關證據，僅僅是把它放到預出版【網站】上，就是一種不負責。現在這篇文章已經被一些人用來質疑新型疫苗了。”弗吉尼亞大學的微生物學家Marie-Louise Hammarskjöld當時在bioRxiv上的一則評論中這樣説。
那麼，這篇文章最初的投稿怎麼樣了呢？Jaenisch説：“他們把它給拒了。”
原文鏈接：
論文地址：
https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118