陳根：基因測序，促進兒童癌症精準治療_風聞

文|陳根

儘管癌症的診斷和治療已經取得了一定程度的進步，但在很多國家，癌症仍然是導致兒童死亡的一大元兇。由於兒童時期癌症發病年齡和腫瘤生物學特性不一致，使得不同兒童期癌症具有病理學和臨牀表現上的異質性。

然而，個性化兒童癌症的治療面臨着挑戰，僅45％的兒童癌症與成人癌症有着相同的驅動基因，因此兒童癌症需要新的治療藥物。此外，兒童癌症通常是由結構性變異驅動的（SVs），這些變異難以識別和靶向。

在精準醫療的指導下，新的靶向療法和免疫療法發揮出巨大的潛力。依據腫瘤分子特徵的變化來制定個性化療法，可以更有效地控制癌症，並減少治療帶來的副作用。

近日，來自聖裘德兒童研究醫院的研究人員利用較為全面的測序方法，對309例兒童癌症患者做了全基因組測序（WGS）、全外顯子測序（WES）、RNA-seq研究，發現86%的患者都攜帶與診斷（53%）、預後（57%）、治療（25%），以及癌症易感性（18%）相關的變異。

通過對比腫瘤細胞與生殖細胞系WGS和WES的數據，研究人員發現在單核苷酸變異（SNV）和插入刪除變異（indels）中有41%變異頻率低於0.2，15%低於0.1。這表明使用該測序方法能發現許多致病或可能致病（P/LP）的變異。

此外，研究團隊利用WGS數據尋找SVs，在90例患者中發現了34組不同的驅動基因融合，其中有30組是有着明確或者潛在的診斷、預後、治療應用價值的，有23組是不同癌症的診斷信號。

接着，研究人員利用來自FDA的治療靶點數據，以及其他的基於NGS的研究成果和專業的指南，發現在253例患者中有218例（86%）都至少攜帶一個與診斷、預後、治療，以及癌症易感性相關的變異。

在G4K研究中，有78例患者患有復發或轉移性癌症，而且並沒有合適的臨牀試驗可供他們參與。但其中的12例患者在接受了與他們的腫瘤突變特徵相匹配的靶向藥治療後，有5例出現了緩解。這表明全面的基因組和轉錄組分析促進了兒童癌症的精準醫療。

該研究結合利用了WGS、WES、RNA-seq三種不同的測序數據，全面描述了兒童癌症的基因組特徵。未來可靶向藥物治療腫瘤變異，為兒童癌症精準治療提供道路。