陳根：T cell ExTRECT工具，直接估算T細胞數量_風聞

文|陳根

腫瘤免疫療法已經在全球範圍內掀起了一波又一波的熱浪，被稱為癌症治療的“第三次革命”。該療法主要通過調動癌症患者自身的免疫系統，增強免疫細胞的功能來對抗癌症。

但值得注意的是，僅部分患者能夠從免疫療法中受益，許多患者對該療法沒有反應。而這種現象與腫瘤抗原水平以及****T細胞數量（免疫浸潤程度）密切相關。

淋巴細胞（T lymphocyte）簡稱T細胞，是由來源於骨髓的淋巴幹細胞，在胸腺中分化、發育成熟後，通過淋巴和血液循環而分佈到全身的免疫器官和組織中發揮免疫功能。

現在流行的癌症疫苗方案往往都需要先發現和確認腫瘤細胞相關抗原。這些抗原，有數百種之多。正在進行中的臨牀試驗中，差不多一半要涉及到一種或多種抗原。儘管腫瘤抗原水平已經可以從全外顯子測序（WES）數據中估計出來，但是對腫瘤免疫微環境中T細胞數量的預測仍然需要額外的樣本數據。

近日，英國倫敦大學癌症研究所Nicholas McGranahan領銜的研究團隊在《自然》發表重要研究成果，他們開發了一個名為T cell ExTRECT的工具，能直接通過腫瘤組織樣本或血液樣本WES數據估計腫瘤免疫微環境中T細胞數量。

一般情況下，T細胞成熟過程中會在T細胞受體（TCR）基因會發生V(D)J重組，這就形成了一個類似於體細胞拷貝數變異（SCNA）的生物學事件。而T cell ExTRECT利用了其中機制，並且借鑑了計算SCNA的工具的原理，利用TCRA的測序讀段深度的比值（RDR）估計腫瘤樣本中T細胞的數量。

為了驗證T cell ExTRECT的準確性，研究人員首先分別計算了T細胞淋巴瘤（數據來源於JURKAT，PEER，HPB-ALL）和結直腸癌（來自於HCT116細胞系）樣本中的TCRA T細胞比例。結果顯示，結直腸癌中TCRA T細胞比例接近於0，而T細胞淋巴瘤則接近於1，這就表明T cell ExTRECT能準確的判斷樣本中是否存在T細胞。

此外，研究人員又與另外一個利用DNA測序數據計算T細胞比例的類似方法進行了比較。結果發現，在相同的數據中（TRACERx100隊列），兩種方法得出的結果有顯著的相關性，但是T cell ExTRECT有更穩定的表現。

未來，該發明有利於讓高效的治療方案快速實施。