轉載，對於一些潛力病毒認識_風聞

[變異毒株]Delta時代的那些非Delta餘孽們 - 知乎  https://zhuanlan.zhihu.com/p/438847803

話説，

Omicron的出現，可能預示着Delta一桶漿糊的時代也許在不久的將來就會結束。

現在差不多是時候來回顧一下，

在Delta制霸全球的半年左右時間裏，

有哪些毒株勉強抵擋住了後浪的清洗，沒有完全死在沙灘上……

這次咱直接參考上一期英國衞生安全局的《格蘭地區新冠病毒VOC/VUI技術簡報》（以下簡稱技術簡報）吧~

（最新一期是Omicron特輯，不看也罷）

雖然英國常年防疫拉胯，英國衞生安全局（UKHSA）的某些騷操作也爭議不斷，

但他們搞的這個已經連載了一年的《技術簡報》吧，真的是沒法黑。

一句話評價，這貨就是如今全球最齊全、最準確、更新最及時的高危變異株清單，沒有之一。

全面碾壓WHO版本、CDC版本和ECDC版本無懸念。

那麼今天咱就藉着UKHSA這份技術簡報來好好八卦一下，

在Delta一桶漿糊半年之後，

全世界範圍內仍然頂着Delta的淫威頑強存活的那些低調毒株吧……

——開門見山，請品鑑：

↑ 如上圖，簡單來説，在英國時間2021年11月12日新鮮出爐的這份技術簡報裏面，

一共有33種變異株上榜（某些子毒株姑且算是同一種變異株）。

包括：

4種“值得關注的變異株”（variant of concern, VOC）；9種“正在調查的變異株”（variant under investigation, VUI）；以及20種“正在監測的變異株”（variant under monitoring，VUM）。其中知名度最高的顯然是4種VOC，

並且UKHSA的這部分榜單剛好和世界衞生組織完全一致，

分別是大家耳熟能詳的Alpha（B.1.1.7）、Beta（B.1.351）、Gamma（P.1）和Delta（B.1.617.2），以及各自的徒子徒孫們。

其中Delta早已一桶漿糊，並且咱之前已然八卦過很多次了，

今天就直接跳過不提了。

咱直接開八其他三家。

一、過氣的VOC們咱先看看上一代的全球霸主Alpha。

現如今Alpha在全球大多數地區都已經完全銷聲匿跡，

只剩下柬埔寨東北部/泰國西南部這一小塊穩定傳播的地盤。

——請品鑑：

↑ 雖然市佔率一再縮水，但直到11月初，都還勉強保留了一成地盤~

挺難得了。

除了中南半島之外，

Alpha在法國、加拿大、英國、美國等地還偶爾有一點餘孽冒頭。

總的來説，數量不算多，但焦慮卻一點都不少。

因為病毒就是病毒，突變就是宿命，

只要還在傳播，突變就一刻都不會停，

在柬埔寨，最新版本的Alpha是這個造型的~

——請品鑑：

比原始版的Alpha多出了一大堆突變，

其中最讓人頭皮發麻的是刺突蛋白的E484K+Q677H+A688S。

E484K已經很有名了就不提了，

而後兩個則跟原有的P681H一起構成了弗林蛋白酶切割位點附近豪華的三突變組合。

很焦慮！

但是，

這種程度的突變其實只能算常規發揮罷了，

在當今這種戰鬥力注水的高武世界裏，這種只沒遇到過武林奇遇的配角~

Alpha家族真正的奇行種，還得看咱法蘭西（本文還會經常乳法……）

順便一提，各位可能想不到，

其實法國是全球數一數二盛產陰間變異株的鬼地方，

總之，法國的獨家限量款Alpha名叫Q.7，

這貨長下面這樣，

——請品鑑：

哦不對，放錯圖了~

——應該是這樣：

天空飄來幾個字：親媽不認識！親媽不認識，就是對Q.7最恰當的評價。

這貨相對於原始版Alpha，多出了下列刺突蛋白突變：

134del+A163V+M177T+L303F+V308L+Y449H+N460K+I472F+G485V

這滿滿的免疫缺陷病例長期排毒的既視感是怎麼一回事……

説完Alpha，咱再來看看Beta。

話説Beta從誕生之日起就從來沒有在全球市面上佔據過主流地位，

當初最輝煌的成就，也不過是統治了南非、卡塔爾和孟加拉而已~

而現在更是沒了主基地，只剩下四處流竄作案的命……

——請品鑑：

↑ 以上是Beta最後的據點——泰國~

但截止11月初，市佔率只剩1%左右了。

不過吧，百足之蟲死而不僵，

這貨已經在南非和歐洲保持流竄作案的狀態好幾個月了，

絲毫不見消停~照樣隔幾天冒出來一例，

並且還在流竄的過程中完成了超級賽亞人變身……

現在最新款的Beta，已經變成了這樣子~

——請品鑑：

↑ 論起養蠱，南非表示，在座各位都是……

總之，最新款Beta喜提以下刺突蛋白突變：

N30T+141/143del+S371F+N450D+A475V+F490Y+S494P+Q498R+D737Y+F888L

眼都看花了啊有沒有！

小聲説，這尼瑪又是典型的免疫缺陷病例長期排毒的造型……

而且考慮到南非那兩成多的艾滋病流行率，

這種武林奇遇似乎就是註定會發生的事故……

攤手~

最後，還剩Gamma~

相對來説，Gamma應該算過氣VOC三兄弟裏邊相對混得最好的一家~

畢竟南美山高皇帝遠，之前Delta也曾經數次折戟~

不過吧，元祖版Delta搞不定的地盤，不一定Delta家族的徒子徒孫全都搞不定……

所以我們已經看到，在AY.25和AY.33等後浪的努力下，

南美這塊最難啃的骨頭已經被Delta徹底征服了，

而曾經的土皇帝Gamma，如今只剩下這麼點地盤~

——請品鑑：

↑ 4%可還行？

剩下的96%全被Delta（和Mu）瓜分掉了……

並且吧，不知道是不是由於原始版的Gamma已經挺接近完全形態~

或者只是單純由於點背……？

總之，在後面好幾個月的流行過程當中，Gamma顯得異常穩定~

現在最新款的P.1.12，

相對於元祖P.1來説，也不過多出4個刺突蛋白而已~

——請品鑑：

D138Y+R246G+T284I+N679K

雖然不多，但三個NTD突變加一個弗林蛋白酶切割位點突變，

勉強也算得上缺哪兒補哪兒了~

以及，最近南美已經出現反彈爆發前兆，

不知道Gamma能不能再次把握風口，

一舉實現二段變身吧。

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下面繼續品鑑《技術簡報》裏的9種VUI（正在調查的變異株）。

分別是：

AY.4.2（Delta徒子徒孫之一）B.1.525（Eta）B.1.617.1（Kappa）B.1.621（Mu）P.2（Zeta）P.3（Theta）B.1.617.3AV.1B.1.1.318對了，大夥兒會不會覺着上面那堆代號……

就跟天書一樣？

咱這就插播一個關於變異株名稱的名詞解釋啊。

各位已經知道，新冠病毒的變異毒株層出不窮，

WHO搞的希臘字母命名法完全不夠用的……

所以業界一般還是習慣用pango命名法。

用人話來説，pango命名法通常由從左到右3-4個小節組成，

每兩個小節中間由分割符".“進行區分。

其中第一個小節是大寫字母（一位字母或兩位字母都可以），

比如説B.1.1.7，或者AY.4.2；

後面幾節則全部是數字。

從左到右每個小節，都對應演化樹上的一次進化枝分化

（可以類比初中學的“界門綱目科屬種”不斷細分）

以“”B.1.617.2”為例，

其中最左邊的“B”，代表新冠病毒的B進化枝（當初武漢兩種初始毒株之一）；

“B.1”則代表B進化枝下的第一個分支；

然後“B.1.617”代表B.1進化枝下的第617個分支；

再然後，“B.1.617.2”代表B.1.617進化枝下的第2個分支。

在變異株名稱長度達到4個小節之後，

Pango team的老師會約定一個新的專屬英文簡稱，

用來專門指代上述4個小節。

比如AY.4.2裏邊的"AY”，

指代的就是"B.1.617.2"這4個小節。

所以AY.4.2的意思，就是“B.1.617.2.4.2”。

（或者説，AY.4.2相對於原始株而言，演化樹已經分支了6次）

——一圖秒懂，請品鑑：

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回到主題，關於《技術簡報》裏邊9種上榜VUI，一句話總結如下：

AY.4.2是Delta家族最耀眼的當紅新星；Mu是當前新冠病毒江湖僅次於Delta的六邊形全能戰士（可惜照樣不太擋得住Delta的蠶食）；B.1.1.318是被WHO忽略的實力派干將（可惜還是擋不住Delta的猛攻）；其他六位……則全都是已經過氣但暫時沒有死在沙灘上的前浪~説到前浪後浪推前浪，

現如今的《技術簡報》清單，

其實非常形象地説明了新冠病毒演化至今已經發生的一種範式轉換：

在前Delta時代，某種變異株是否牛鼻，需要從多維度評估，比如突變位點嚇不嚇人、傳染性高不高、毒力猛不猛、免疫逃逸強不強，等等；而在Delta一桶漿糊的現在，判斷變異株是否牛鼻的標準已經異常簡潔且同質化——只要能繼續苟活，不被Delta完全拍死在沙灘上，就是牛鼻，就是強。下面就一一簡單點評幾句吧~

B.1.525（Eta）這貨大概在2020年7月份首次現身尼日利亞。

2021年3月底到達流行率頂峯，約佔全球1%的樣子~主要流行範圍是以尼日利亞為中心的中部非洲地區，以及美國加拿大；其中在蘇丹實現了超過五成的市佔率。

——請品鑑：

這貨之所以能喜提WHO專屬希臘字母，主要原因是在非洲某些地方長時間持續處於主流地位。

2021年4月份之後，這貨逐漸被Delta取代，現如今只剩零星散發。WHO專屬希臘字母稱號也被收回了……

最後一次現身是2021年9月20日（在荷蘭）。

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B.1.617.1（Kappa）和B.1.617.3毫無存在感的變異株。

出現的時間不明，盲猜和Delta同時期（吧）……

畢竟印度測序能力感人，搞不明白才是正常情況

入圍《技術簡報》和喜提WHO專屬希臘字母的主要原因，則在於沾了親兄弟Delta的光……其中Kappa還勉強有一次拿得出手的爆發記錄，也就是2021年5月份導致墨爾本封城兩週的那次~結果被墨爾本超神發揮，反手就給它摁沒了，毫無懸念……

——請品鑑：

B.1.617.3則更是默默無聞，毫無亮點。

這兩兄弟最後現身都是2021年9月中旬（印度和英國都有）。

哦對了，B.1.617.1的專屬希臘字母也慘遭回收了~

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P.2同樣從頭到尾都毫無存在感的變異株，

同樣是希臘字母稱號慘遭剝奪的弱雞。

入圍《技術簡報》和喜提WHO專屬希臘字母的主要原因，

照例是沾了親兄弟P.1（Gamma）的光……

最後一次現身是2021年10月6日（美國佛羅里達州）。

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P.32021年1月底被日本入境檢疫機構擋獲，來源於菲律賓。

由於長相和同樣被日本入境檢疫機構擋獲的P.1（Gamma）太神似，

所以備受重視，畢竟趨同演化這種事情不是啥好兆頭……

但P.3的實際戰力似乎差了Gamma幾條街~

不過也説不定，畢竟菲律賓測序工作太一言難盡，

所以我們其實並不知道這貨在菲律賓境內到底流行到了什麼程度，

以及現在還有沒有繼續存活~

另外這貨它就是個入境檢疫慣犯……

時不時就要在日本/韓國/香港/新加坡等入境檢疫刷個存在感~

（這也側面説明了，菲律賓的主要支柱產業，就是勞務輸出）

最後一次現身是2021年9月初（日本入境檢疫）。

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AV.1不要跟AY.1搞混了……

AY.1是Delta家族的長子長孫（雖然現在看起來挺挫），

而AV.1的全稱則是B.1.1.482.1。

這貨2021年3月底誕生於英國，

跟上面的P.2、P.3一樣，這貨完全沒有實際戰績，

入圍《技術簡報》純粹是因為突變位點看着太唬人，

特別是刺突蛋白部分（打紅框的就是看着唬人的部分）~

——請品鑑：

沒辦法，那時候大夥兒被Beta和Gamma嚇破了膽，看到E484K就瑟瑟發抖……

現在這貨最大的存在意義，就是作為一個負面典型，

教育剛剛開始跟進變異株演化的postdoc們：

滿身陰間突變並不一定厲害，決定變異株威脅程度的唯一標準，還得看實踐檢驗。

AV.1最後一次現身是2021年7月份（在貝寧）

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B.1.1.318簡單來説，B.1.1.318是整個VUI清單上僅次於AY.4.2和Mu的強悍存在，

但不知為啥從來沒有混到WHO專屬希臘字母，

可見WHO是多麼地後知後覺……

B.1.1.318於2021年1月初誕生於尼日利亞（又是尼日利亞），

之後頂着當時的全球扛把子Alpha，

陸續搶到了毛里求斯、烏干達、希臘等好幾個國家/地區的堂口，

並且直到7月中旬，都有能力在少數地區跟元祖版Delta正面拉鋸~

——請品鑑下面這張經典老圖：

↑ 上圖是荷蘭烏特勒支大學Henk-Jan Westeneng老師搞的希臘各變異毒株流行率增長速度多項式擬合（截止2021年7月15日）。

其中，中間的標杆（黑色虛線）是Alpha，（一代扛把子淪為背景板……）

其他毒株則用黑點表示。

黑點上面的黑色線段代表了置信區間，

黑點越靠右，則意味着該毒株相對於alpha的流行率增長率越高。

7月份的希臘，可能是Delta吃癟最慘的場合……連前三都沒擠進去

哦對了，上圖排名第二的Other其實就是B.1.1.318的子毒株AZ.2~

Westeneng老師是搞算法的，毒株分類他不太熟，沒認出來，所以一不小心鬧了個小笑話，大夥兒請別在意。

總之，正因為B.1.1.318實力不俗，

所以子孫也比較繁茂，一共7個，

——請品鑑：