轉載,對於一些潛力病毒認識_風聞
fengfei-2021-11-29 12:24
[變異毒株]Delta時代的那些非Delta餘孽們 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/438847803
話説,
Omicron的出現,可能預示着Delta一桶漿糊的時代也許在不久的將來就會結束。
現在差不多是時候來回顧一下,
在Delta制霸全球的半年左右時間裏,
有哪些毒株勉強抵擋住了後浪的清洗,沒有完全死在沙灘上……
這次咱直接參考上一期英國衞生安全局的《格蘭地區新冠病毒VOC/VUI技術簡報》(以下簡稱技術簡報)吧~
(最新一期是Omicron特輯,不看也罷)
雖然英國常年防疫拉胯,英國衞生安全局(UKHSA)的某些騷操作也爭議不斷,
但他們搞的這個已經連載了一年的《技術簡報》吧,真的是沒法黑。
一句話評價,這貨就是如今全球最齊全、最準確、更新最及時的高危變異株清單,沒有之一。
全面碾壓WHO版本、CDC版本和ECDC版本無懸念。
那麼今天咱就藉着UKHSA這份技術簡報來好好八卦一下,
在Delta一桶漿糊半年之後,
全世界範圍內仍然頂着Delta的淫威頑強存活的那些低調毒株吧……
——開門見山,請品鑑:

↑ 如上圖,簡單來説,在英國時間2021年11月12日新鮮出爐的這份技術簡報裏面,
一共有33種變異株上榜(某些子毒株姑且算是同一種變異株)。
包括:
4種“值得關注的變異株”(variant of concern, VOC);9種“正在調查的變異株”(variant under investigation, VUI);以及20種“正在監測的變異株”(variant under monitoring,VUM)。其中知名度最高的顯然是4種VOC,
並且UKHSA的這部分榜單剛好和世界衞生組織完全一致,
分別是大家耳熟能詳的Alpha(B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Gamma(P.1)和Delta(B.1.617.2),以及各自的徒子徒孫們。
其中Delta早已一桶漿糊,並且咱之前已然八卦過很多次了,
今天就直接跳過不提了。
咱直接開八其他三家。
一、過氣的VOC們咱先看看上一代的全球霸主Alpha。
現如今Alpha在全球大多數地區都已經完全銷聲匿跡,
只剩下柬埔寨東北部/泰國西南部這一小塊穩定傳播的地盤。
——請品鑑:
↑ 雖然市佔率一再縮水,但直到11月初,都還勉強保留了一成地盤~
挺難得了。
除了中南半島之外,
Alpha在法國、加拿大、英國、美國等地還偶爾有一點餘孽冒頭。
總的來説,數量不算多,但焦慮卻一點都不少。
因為病毒就是病毒,突變就是宿命,
只要還在傳播,突變就一刻都不會停,
在柬埔寨,最新版本的Alpha是這個造型的~
——請品鑑:
比原始版的Alpha多出了一大堆突變,
其中最讓人頭皮發麻的是刺突蛋白的E484K+Q677H+A688S。
E484K已經很有名了就不提了,
而後兩個則跟原有的P681H一起構成了弗林蛋白酶切割位點附近豪華的三突變組合。
很焦慮!
但是,
這種程度的突變其實只能算常規發揮罷了,
在當今這種戰鬥力注水的高武世界裏,這種只沒遇到過武林奇遇的配角~
Alpha家族真正的奇行種,還得看咱法蘭西(本文還會經常乳法……)
順便一提,各位可能想不到,
其實法國是全球數一數二盛產陰間變異株的鬼地方,
總之,法國的獨家限量款Alpha名叫Q.7,
這貨長下面這樣,
——請品鑑:
哦不對,放錯圖了~
——應該是這樣:
天空飄來幾個字:親媽不認識!親媽不認識,就是對Q.7最恰當的評價。
這貨相對於原始版Alpha,多出了下列刺突蛋白突變:
134del+A163V+M177T+L303F+V308L+Y449H+N460K+I472F+G485V
這滿滿的免疫缺陷病例長期排毒的既視感是怎麼一回事……
説完Alpha,咱再來看看Beta。
話説Beta從誕生之日起就從來沒有在全球市面上佔據過主流地位,
當初最輝煌的成就,也不過是統治了南非、卡塔爾和孟加拉而已~
而現在更是沒了主基地,只剩下四處流竄作案的命……
——請品鑑:
↑ 以上是Beta最後的據點——泰國~
但截止11月初,市佔率只剩1%左右了。
不過吧,百足之蟲死而不僵,
這貨已經在南非和歐洲保持流竄作案的狀態好幾個月了,
絲毫不見消停~照樣隔幾天冒出來一例,
並且還在流竄的過程中完成了超級賽亞人變身……
現在最新款的Beta,已經變成了這樣子~
——請品鑑:
↑ 論起養蠱,南非表示,在座各位都是……
總之,最新款Beta喜提以下刺突蛋白突變:
N30T+141/143del+S371F+N450D+A475V+F490Y+S494P+Q498R+D737Y+F888L
眼都看花了啊有沒有!
小聲説,這尼瑪又是典型的免疫缺陷病例長期排毒的造型……
而且考慮到南非那兩成多的艾滋病流行率,
這種武林奇遇似乎就是註定會發生的事故……
攤手~
最後,還剩Gamma~
相對來説,Gamma應該算過氣VOC三兄弟裏邊相對混得最好的一家~
畢竟南美山高皇帝遠,之前Delta也曾經數次折戟~
不過吧,元祖版Delta搞不定的地盤,不一定Delta家族的徒子徒孫全都搞不定……
所以我們已經看到,在AY.25和AY.33等後浪的努力下,
南美這塊最難啃的骨頭已經被Delta徹底征服了,
而曾經的土皇帝Gamma,如今只剩下這麼點地盤~
——請品鑑:
↑ 4%可還行?
剩下的96%全被Delta(和Mu)瓜分掉了……
並且吧,不知道是不是由於原始版的Gamma已經挺接近完全形態~
或者只是單純由於點背……?
總之,在後面好幾個月的流行過程當中,Gamma顯得異常穩定~
現在最新款的P.1.12,
相對於元祖P.1來説,也不過多出4個刺突蛋白而已~
——請品鑑:
D138Y+R246G+T284I+N679K
雖然不多,但三個NTD突變加一個弗林蛋白酶切割位點突變,
勉強也算得上缺哪兒補哪兒了~
以及,最近南美已經出現反彈爆發前兆,
不知道Gamma能不能再次把握風口,
一舉實現二段變身吧。
下面繼續品鑑《技術簡報》裏的9種VUI(正在調查的變異株)。
分別是:
AY.4.2(Delta徒子徒孫之一)B.1.525(Eta)B.1.617.1(Kappa)B.1.621(Mu)P.2(Zeta)P.3(Theta)B.1.617.3AV.1B.1.1.318對了,大夥兒會不會覺着上面那堆代號……
就跟天書一樣?
咱這就插播一個關於變異株名稱的名詞解釋啊。
各位已經知道,新冠病毒的變異毒株層出不窮,
WHO搞的希臘字母命名法完全不夠用的……
所以業界一般還是習慣用pango命名法。
用人話來説,pango命名法通常由從左到右3-4個小節組成,
每兩個小節中間由分割符".“進行區分。
其中第一個小節是大寫字母(一位字母或兩位字母都可以),
比如説B.1.1.7,或者AY.4.2;
後面幾節則全部是數字。
從左到右每個小節,都對應演化樹上的一次進化枝分化
(可以類比初中學的“界門綱目科屬種”不斷細分)
以“”B.1.617.2”為例,
其中最左邊的“B”,代表新冠病毒的B進化枝(當初武漢兩種初始毒株之一);
“B.1”則代表B進化枝下的第一個分支;
然後“B.1.617”代表B.1進化枝下的第617個分支;
再然後,“B.1.617.2”代表B.1.617進化枝下的第2個分支。
在變異株名稱長度達到4個小節之後,
Pango team的老師會約定一個新的專屬英文簡稱,
用來專門指代上述4個小節。
比如AY.4.2裏邊的"AY”,
指代的就是"B.1.617.2"這4個小節。
所以AY.4.2的意思,就是“B.1.617.2.4.2”。
(或者説,AY.4.2相對於原始株而言,演化樹已經分支了6次)
——一圖秒懂,請品鑑:

回到主題,關於《技術簡報》裏邊9種上榜VUI,一句話總結如下:
AY.4.2是Delta家族最耀眼的當紅新星;Mu是當前新冠病毒江湖僅次於Delta的六邊形全能戰士(可惜照樣不太擋得住Delta的蠶食);B.1.1.318是被WHO忽略的實力派干將(可惜還是擋不住Delta的猛攻);其他六位……則全都是已經過氣但暫時沒有死在沙灘上的前浪~説到前浪後浪推前浪,
現如今的《技術簡報》清單,
其實非常形象地説明了新冠病毒演化至今已經發生的一種範式轉換:
在前Delta時代,某種變異株是否牛鼻,需要從多維度評估,比如突變位點嚇不嚇人、傳染性高不高、毒力猛不猛、免疫逃逸強不強,等等;而在Delta一桶漿糊的現在,判斷變異株是否牛鼻的標準已經異常簡潔且同質化——只要能繼續苟活,不被Delta完全拍死在沙灘上,就是牛鼻,就是強。下面就一一簡單點評幾句吧~
B.1.525(Eta)這貨大概在2020年7月份首次現身尼日利亞。
2021年3月底到達流行率頂峯,約佔全球1%的樣子~主要流行範圍是以尼日利亞為中心的中部非洲地區,以及美國加拿大;其中在蘇丹實現了超過五成的市佔率。
——請品鑑:
這貨之所以能喜提WHO專屬希臘字母,主要原因是在非洲某些地方長時間持續處於主流地位。
2021年4月份之後,這貨逐漸被Delta取代,現如今只剩零星散發。WHO專屬希臘字母稱號也被收回了……
最後一次現身是2021年9月20日(在荷蘭)。
B.1.617.1(Kappa)和B.1.617.3毫無存在感的變異株。
出現的時間不明,盲猜和Delta同時期(吧)……
畢竟印度測序能力感人,搞不明白才是正常情況
入圍《技術簡報》和喜提WHO專屬希臘字母的主要原因,則在於沾了親兄弟Delta的光……其中Kappa還勉強有一次拿得出手的爆發記錄,也就是2021年5月份導致墨爾本封城兩週的那次~結果被墨爾本超神發揮,反手就給它摁沒了,毫無懸念……
——請品鑑:
B.1.617.3則更是默默無聞,毫無亮點。
這兩兄弟最後現身都是2021年9月中旬(印度和英國都有)。
哦對了,B.1.617.1的專屬希臘字母也慘遭回收了~
P.2同樣從頭到尾都毫無存在感的變異株,
同樣是希臘字母稱號慘遭剝奪的弱雞。
入圍《技術簡報》和喜提WHO專屬希臘字母的主要原因,
照例是沾了親兄弟P.1(Gamma)的光……
最後一次現身是2021年10月6日(美國佛羅里達州)。
P.32021年1月底被日本入境檢疫機構擋獲,來源於菲律賓。
由於長相和同樣被日本入境檢疫機構擋獲的P.1(Gamma)太神似,
所以備受重視,畢竟趨同演化這種事情不是啥好兆頭……
但P.3的實際戰力似乎差了Gamma幾條街~
不過也説不定,畢竟菲律賓測序工作太一言難盡,
所以我們其實並不知道這貨在菲律賓境內到底流行到了什麼程度,
以及現在還有沒有繼續存活~
另外這貨它就是個入境檢疫慣犯……
時不時就要在日本/韓國/香港/新加坡等入境檢疫刷個存在感~
(這也側面説明了,菲律賓的主要支柱產業,就是勞務輸出)
最後一次現身是2021年9月初(日本入境檢疫)。
AV.1不要跟AY.1搞混了……
AY.1是Delta家族的長子長孫(雖然現在看起來挺挫),
而AV.1的全稱則是B.1.1.482.1。
這貨2021年3月底誕生於英國,
跟上面的P.2、P.3一樣,這貨完全沒有實際戰績,
入圍《技術簡報》純粹是因為突變位點看着太唬人,
特別是刺突蛋白部分(打紅框的就是看着唬人的部分)~
——請品鑑:
沒辦法,那時候大夥兒被Beta和Gamma嚇破了膽,看到E484K就瑟瑟發抖……
現在這貨最大的存在意義,就是作為一個負面典型,
教育剛剛開始跟進變異株演化的postdoc們:
滿身陰間突變並不一定厲害,決定變異株威脅程度的唯一標準,還得看實踐檢驗。
AV.1最後一次現身是2021年7月份(在貝寧)
B.1.1.318簡單來説,B.1.1.318是整個VUI清單上僅次於AY.4.2和Mu的強悍存在,
但不知為啥從來沒有混到WHO專屬希臘字母,
可見WHO是多麼地後知後覺……
B.1.1.318於2021年1月初誕生於尼日利亞(又是尼日利亞),
之後頂着當時的全球扛把子Alpha,
陸續搶到了毛里求斯、烏干達、希臘等好幾個國家/地區的堂口,
並且直到7月中旬,都有能力在少數地區跟元祖版Delta正面拉鋸~
——請品鑑下面這張經典老圖:
↑ 上圖是荷蘭烏特勒支大學Henk-Jan Westeneng老師搞的希臘各變異毒株流行率增長速度多項式擬合(截止2021年7月15日)。
其中,中間的標杆(黑色虛線)是Alpha,(一代扛把子淪為背景板……)
其他毒株則用黑點表示。
黑點上面的黑色線段代表了置信區間,
黑點越靠右,則意味着該毒株相對於alpha的流行率增長率越高。
7月份的希臘,可能是Delta吃癟最慘的場合……連前三都沒擠進去
哦對了,上圖排名第二的Other其實就是B.1.1.318的子毒株AZ.2~
Westeneng老師是搞算法的,毒株分類他不太熟,沒認出來,所以一不小心鬧了個小笑話,大夥兒請別在意。
總之,正因為B.1.1.318實力不俗,
所以子孫也比較繁茂,一共7個,
——請品鑑:
