宏基因組測序技術：用對才能用好

“回想2003年沒有mNGS技術的時候，我們認識SARS冠狀病毒需要5—6個月，而現在認知新冠病毒，國內科學家只用了很短時間。”5月8日，復旦大學附屬華山醫院感染科主任張文宏教授在第三屆感染性疾病精準醫學高峯論壇上表示，認知新發病原體，新技術起到了重要的作用。

“在國家傳染病防治重大科技專項支持的平台基礎上，基於二代測序的mNGS技術，中國醫學科學院團隊用了約50個小時就從不明原因肺炎樣本中獲得了新冠病毒全基因組序列，與其他兄弟單位共同確認新冠病毒是導致疫情的病原。”中國醫學科學院北京協和醫學院副院校長王健偉教授表示，新技術找到了新冠病毒，新冠疫情也促進了新技術的應用發展，未來應推進新技術在精準診斷、遏制耐藥、防控新發病原等方面持續發力。

mNGS究竟是啥？

如何讓識別新發病原體的速度好比坐上了飛機？

普通人用上它了嗎？

它讓感染治療從“炮轟”到“狙擊”

“在沒有新技術之前，如果遇到嚴重的感染中毒症，往往是各種抗感染的藥物一起上。”張文宏説，因為傳統技術時常給不出明確的感染病原信息。

“炮轟”式的操作難有針對性，難以有效壓住感染，反而容易導致細菌的耐藥性。

“炮轟”不行，能不能“狙擊”？

2014年6月，《新英格蘭雜誌》上的論文記載了一場成功的“狙擊”——

一例不明原因的腦膜炎，用盡各種治療手段未果，但在使用mNGS後，明確了病原體為致病性鈎端螺旋體，改用幾毛錢成本的青黴素治療，患者獲救。

這一戰名聲大噪。mNGS就是宏基因組測序技術，通過全面分析患者樣本中微生物和遺傳物質（包括DNA和RNA），識別“壞分子”，實現感染性疾病的精準治療。

“它無需事先了解預期的病原體，能夠同時檢測大量的微生物。”張文宏總結，mNGS擁有辨新、海量篩查病原體等多項優勢。

它的正確解讀仍需“立規矩”

“這個方法很靈敏，就更需要警惕會不會搞錯。”王健偉指出，因為方法足夠靈敏，很細小的過程偏差也會反映到輸出的結果上，例如環境污染、生物信息分析偏差甚至軟件算法等造成的差異，也會導致對單個鹼基的解讀完全不同。

如何正確解讀宏基因組測序所給出的證據，以指導臨牀實踐，成為實現感染性疾病精準診斷的重點之一。

“解讀包括mNGS的臨牀規範、報告的理解等多個階段的問題。”國家衞生健康委全國真菌病監測網國家中心主任、中國醫學科學院北京協和醫院檢驗科主任徐英春表示，規範的建立是為了把mNGS技術在臨牀上用好。

據介紹，國家衞生健康委臨牀檢驗中心今年開展了首次mNGS技術室間質評，全國包括第三方實驗室在內的約90家實驗室參與，在面對複雜的鑑別考卷時，只有5家實驗室獲得滿分。

“從臨牀規範來講，mNGS行業仍需要通過相關部門的引導來推進標準化和質量可控性，這一點對於臨牀非常重要。”在室間質評中獲得滿分的微遠基因的創始人、首席執行官李永軍表示，後續將通過技術創新實現醫院實驗室內mNGS設備的自動化，以增加檢測效能，並滿足標準化等要求。

它現在普及了嗎?

10年前，一個宏基因組檢測的成本約為十幾萬元左右，而今已經下降到數千元級別。隨着成本大幅下降，宏基因組測序已逐步應用於重症患者的病原學診斷中。

“目前，絕大多數醫院未建立自有平台，而是藉助第三方服務。從臨牀需求來看，醫院自建實驗室和第三方提供檢測服務都在發展。”中華醫學會重症分會副主任委員、中國醫科大學附屬第一醫院重症醫學科馬曉春主任表示，從目前mNGS技術使用反饋結果來看，整體的質量把控和臨牀效果有利於患者診療。

如何能讓新技術為老百姓服務好、服務對？

馬曉春提醒，現在這一行業發展仍處於發展初期，提供服務的企業較多，應加緊制定系統化、規範化的標準，以利於市場整體的發展成熟和臨牀診療的正確實施。此外，該技術目前並未納入醫保，在後續技術、體系成熟的基礎上，通過規劃將其納入整體醫療體系當中，才能使它更好地服務於人民生命健康。