我科研團隊發明幽門螺桿菌單細胞精準診療技術

6月22日，我國科研人員依託原創的臨牀單細胞拉曼藥敏快檢系統（CAST-R），建立了單個細菌細胞精度、“鑑定-藥敏-溯源”全流程一體化的H.pylori診療技術CAST-R-HP，具有快速病原鑑定、精確藥敏表型檢測、基於單細胞全基因組支撐耐藥機制研究與精準溯源等優勢。

該成果團隊是由中國科學院青島生物能源與過程研究所與中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所（中國疾控中心傳染病所）、青島市立醫院、青島星賽生物等組成的醫產學研聯合團隊，且該成果近日發表於《臨牀化學》。

我國幽門螺桿菌感染呈現高感染率（約50%）、高疾病負擔、高耐藥率和低根除率特徵，而低根除率的主要原因為幽門螺桿菌菌株耐藥嚴重。因此，建立一個高效的藥敏診斷、治療與溯源體系，對於臨牀和相關疾病防控至關重要。

目前，幽門螺桿菌耐藥菌鑑定的臨牀金標準是內鏡檢查與細菌培養相結合的藥敏檢驗。由於其生長條件苛刻，分離和培養胃活檢標本中的幽門螺桿菌通常需7—10天，且難以考察臨牀樣品中“原位”的病原多樣性。在獲得純培養後開展的表型藥敏實驗，同樣耗時很長，且技術要求高。而基於基因型的藥敏檢測方法僅能預測部分已知耐藥基因的突變，並存在不同程度的假陰性。目前臨牀醫生主要依賴經驗用藥而非藥敏結果指導下的精準治療。但是，隨着幽門螺桿菌耐藥性的不斷增加，經驗治療的根除失敗率日益嚴重。

針對以上瓶頸問題，科研團隊建立了單個細菌細胞精度、“鑑定-藥敏-溯源”全流程一體化的幽門螺桿菌診療技術CAST-R-HP。

記者瞭解到，科研團隊構建了15種臨牀常見胃部共生菌的單細胞拉曼光譜（SCRS）參考數據庫，進而利用端到端的深度卷積神經網絡（DCNN），將拉曼光譜特徵提取與分類模型訓練過程相融合，有效提升了基於SCRS的病原鑑定準確率。直接從臨牀胃黏膜樣品出發，對幽門螺桿菌細胞進行識別和鑑定，準確率達98.5±0.27%。

研究人員建立了單細胞精度測定代謝抑制程度的幽門螺桿菌藥敏表型快檢技術。與臨牀標準E-test法相比，17株幽門螺桿菌臨牀分離株對左氧氟沙星、克拉黴素的藥敏檢測準確率分別為94%和100%。另外，針對7例患者胃黏膜組織樣本，通過48—72小時的重水飼餵和藥物孵育，無需分離培養，直接測定樣品中幽門螺桿菌細胞對於左氧氟沙星和克拉黴素的藥敏性，準確率均為100%。

針對耐藥機制研究和全基因組溯源，研究人員從臨牀樣品中直接識別特定藥敏表型的幽門螺桿菌細胞，進而通過拉曼光鑷液滴單細胞分選（RAGE）芯片，完成高均衡性的目標單細胞分選和核酸擴增。拉曼分選後的單個幽門螺桿菌細胞，全基因組覆蓋度可達99.7%，通過基因型驗證了藥敏表型。

據介紹，下一步，研究人員將基於“微生物藥敏單細胞技術臨牀示範網絡”，進一步開發CAST-R-HP系統，拓展其應用，從而為建立單細胞精度的幽門螺桿菌診療與疾控體系奠定技術和裝備基礎。